先简要作回答：因为红心和白心火龙果是不同的物种，红心火龙果果肉里含有甜菜红素，因而显现出红色。
有兴趣的朋友可以往下看更完整的回答：
首先，我们所食用的白心火龙果和红心火龙果并非一种植物的不同品种，白心火龙果学名叫做Hylocereus undatus，中文正式名叫做量天尺，也被叫做霸王鞭、三角柱、三棱柱等，隶属于仙人掌科量天尺属，原产南美洲，但世界广泛栽培它很早就被引种到我国，不过一直是作为观赏植物，常常作为砧木，来嫁接仙人掌、仙人球和蟹爪兰，在两广、海南等地大量逸为野生。广东部分地区的人们还将它的花朵晒干用来炖汤，将这种植物称之为“霸王花”，但多数人并不认为它就是火龙果，这是因为这些量天尺往往无法结出果实。以果实为目的的栽培中，人们自然会选择结实率较高的品种，加上果农采取措施促使促进授粉，并在施肥环节跟上植株需求，结实率就大大增加了。
注：物种的学名均应斜体，但问答平台暂不支持斜体，故只能以正体显示。
（△开花的量天尺）
（△结实的量天尺）
（△量天尺果实，即俗称的“火龙果”）
红心火龙果则是量天尺属的另一种植物——哥斯达黎加量天尺，学名Hylocereus costaricensis，它的果肉里含有甜菜红素，因此呈现出红色。同时，甜菜红素的发色基团并不能被消化道所分解，因此常常在吃下红心火龙果之后，会出现拉出红色尿液和便便的情况，不过这对于健康是无害的，当然，红心火龙果也并非像某些媒体宣称的富含花青素因而营养价值高于白心火龙果。
（△哥斯达黎加量天尺的果实，即俗称的红心火龙果）
此外，前面说的白心火龙果和红心火龙果都是红皮，还有一种在国内并不常见的能结出黄皮白心的量天尺属植物——大花量天尺，有人称之为“麒麟果”“金龙果”，其学名叫做Hylocereus megalanthus。
（△大花量天尺的果实，即俗称的“麒麟果”、“金龙果”）
