剑川县小型兽类携带病毒宏基因组及戊型肝炎病毒分子流行病学研究
目的:为了阐明云南省剑川县小型兽类携带病毒现状,以及小型兽类中戊型肝炎病毒的感染、分布以及遗传进化关系,为相关病毒的预防控制提供科学指导。方法:课题组于2018年8月,选择云南省剑川县清坪村、石龙村和庆华村3个村,采用笼线法捕获小型兽类,捕获的小型兽类通过形态学分类鉴定后,解剖采集肝脏组织。采用高通量测序方法对采集的小型兽类肝组织样品进行病毒宏基因组分析,了解肝组织样品中的病毒群。用病毒RNA提取试剂盒,对肝组织样品中进行病毒核酸提取,采用半巢氏PCR对戊型肝炎病毒RNA依赖的RNA酶基因的保守序列进行扩增,阐明小型兽类中戊型肝炎病毒感染现状。设计引物对有代表性的戊型肝炎病毒进行全基因组测序。运用MAGE7.0生物信息学软件对获得的序列构建系统进化树,用Bioedit软件对戊型肝炎病毒基因进行相似性分析,确定病毒序列的相似性,并对病毒进行基因分型。结果:共捕获8属11种203只小型兽类,高通量测序在小型兽类中共获得核酸序列836921条,分析发现小型兽类携带有戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus)、丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus)、乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus)、指环病毒(Anellovirus)、圆环病毒(Circovirus)、博卡病毒(Bocavirus)、冠状病毒(Coronavirus)、细小病毒(Parvovirus)和逆转录病毒(Retrovirus)等病毒。对剑川县203只小型兽类中戊型肝炎病毒进行检测,阳性6份,感染率为2.96%(6/203)。获得3株戊型肝炎病毒全基因组,其中来自黄胸鼠(Rattus tanezumi)的病毒株与越南、印度尼西亚及香港的来自褐家鼠(R.norvegicus)的戊型肝炎病亲缘关系最接近,核苷酸水平同源性为87.00%。本研究来自齐氏姬鼠(Apodemus chevri... （共63页)
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