时间：2018-09-11 阅读量：291
小分子RNA特指长度为20~24 nt的RNA，其广泛参与植物的生长、发育和生殖等过程。近年来，伴随高通量测序技术的普遍应用，小RNA在园艺作物中的调控作用和机制也相继被解析，推动了园艺研究的发展。近日，本课题组在《Horticulture Research》上发表了综述文章---《Small RNAs, emerging regulators critical for the development of horticultural traits》。该文通过归纳已有研究报道，分析已公开的基因组和高通量测序数据，总结了当前园艺作物小分子RNA的研究现状，并针对主要园艺性状逐点综述重要小RNA通路，提出了进一步研究的可能方向，为园艺作物中小RNA研究作了全面的概述。下面简述文章主要的几点内容：
一、进一步确定了24个园艺作物保守和8个科属特异但对重要园艺性状有关键作用的miRNA家族。作者基于APG IV物种进化关系，选取了多个科属中具有小RNA研究报道的主要园艺作物。通过对这些物种的基因组数据和高通量测序数据分析，重现了已报道的21个保守的miRNA的分布模式，提出了三个新的植物/园艺作物保守的miRNA（miR828、miR482/2118和miR535）。同时，作者也归纳了8个对园艺性状有重要作用的miRNA，如miR3954。
二、分析已公开的小RNA数据集，统计了园艺作物小RNA研究情况；通过虚拟进化树的形式展示已有小RNA相关研究的园艺作物。
三、归纳了参与到重要园艺作物性状产生或维持的主要miRNA和phasiRNA通路（详细见原文），如： miRNA与营养和生殖生长的切换；miRNA与果实发育（果实大小、着色和品质）；miRNA与生长素信号转导，以及miRNA与抗病等方面。
最后，作者在文末小总结了目前园艺作物中小RNA研究现状。整体上，相对于其他物种，如大宗作物水稻或模式生物拟南芥，园艺作物的小RNA研究尚处萌芽期。虽然已有不少相关的小RNA研究报道，但大多停留在高通量测序与初级数据汇总上，鲜有功能验证和深度的数据解析和利用。为此，作者认为：一方面，高度保守的miRNA和phasiRNA途径是调控园艺性状形成的主要因子；另一方面，园艺作物的多样性和复杂性可能孕育了一些特有的小RNA参与的调控途径。
高通量测序技术和随之兴起的生物信息学为园艺作物的研究提供了前所未有的机遇。测序数据仍需要保持进一步增长，覆盖更多的园艺作物，性状和生物学过程；另外相关的大数据分析需要更为专业，更加深入。
