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如何让你的PCA图更加生动有趣？

花匠小妙招
2025-01-12 03:09

文献中看到一个有趣的聚类散点图，在原本的PCA图中叠加对应组织示意图，显得更加生物直观！

（Nat Commun，2024）

如果想对自己的PCA图再做一点个性化提升，可尝试这种表现形式。今天为大家分享绘制这类图表的最简单方法，无需编程或自己绘制示意图素材，新手友好。

首先是聚类散点图的绘制，可以选择OS的动态散点-盒形图工具，教程可戳往期：《如何绘制散点-盒形组合图表？高分文献都在用！》，参考如下：

工具链接：

https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_scatter_box.html

对于各类科学插图素材，如不同的植物、组织器官、生物剪影等，其实大多都能直接找到矢量素材，无需自己绘制。一些可以免费获取科学插图素材的资源网站如IAN MEDIA LIBRARY、bioicons、SciDraw、SMART、Phylopic等都非常nice，具体可戳：《六边形战士必备！超多好用科研资源网站分享！！》

当完成散点图绘制和素材收集后，我们只需使用AI（Adobe Illustrator）完成组图。打开AI，新建一张合适尺寸的画板，这里以A4为例。菜单栏选择文件—置入，导入绘制好的PCA图及收集的剪影素材（素材下载自Phylopic），如下：

使用选择工具选中物种剪影，长按拖拽移动到图中合适的位置，缩放时长按Shift键可进行等比例缩放。

工具栏选择吸管工具，在图中点击想要吸附颜色的图形后，长按Alt键将吸管变滴管，再点击目标剪影，可快速完成颜色赋予。当然，如果没有半透明效果，展开不透明度面板自行调整即可。

选择工具单击选中剪影，右键—排列—置于底层，将剪影素材放置到散点图之下：

我们还可以用mini剪影替代图例，会更加生动：

添加剪影美化后的PCA图效果如下：

好啦，今日分享毕！

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https://www.omicshare.com/user/register.php?lang=zh

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参考文献

- SPRING IS IG -

Smith, M.E., Chen, C.T., Gohel, C.A. et al. Upregulated hepatic lipogenesis from dietary sugars in response to low palmitate feeding supplies brain palmitate. Nat Commun 15, 490 (2024).