棉花病害可分为苗病、茎病和铃病。苗病包括立枯病、炭疽病、红腐病和猝倒病等，导致烂子烂芽、叶斑和死苗。茎病主要是枯萎病和黄萎病，导致叶斑、叶片发黄、落叶或垮秆。铃病包括铃疫病和黑果病，导致烂铃而减产降质。病害综合防治包括种植抗病品种、农业防治、生物防治和化学防治等。
（1）苗病综合防治
① 种子包衣。商品种子包被种衣剂如卫福、咯菌腈和适乐时悬浮种衣剂等，防病效果好，同时包被杀虫剂，可兼治苗蚜。
② 化学防治。药剂有波尔多液，幼苗期半量式配方：硫酸铜、生石灰、水的比例为1:0.5:100，等量式用量比例为1:1:100。也可用50%甲基托布津或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液喷雾防治。
③ 育苗移栽。
④ 地膜覆盖保护栽培。
（2）枯萎病、黄萎病综合防治
① 选用抗病品种，轮作倒茬。
② 健康栽培。包括增施有机肥和钾肥，化学调控促进植株健康生长。
③ 清洁田园。如及时拔除病株，集中焚毁；排水通畅，中耕除草等。
④ 化学防治。药剂有高剂量咪鲜胺锰盐和枯草芽孢杆菌，五倍子、土元和蛇床子提取物对黄萎病菌具有抑制效果。
（3）铃疫病综合防治
抢摘黄熟铃，推株并垄，剪空枝、打老叶，增加田间通风透光，减轻铃病发生效果好。从8月下旬开始，选用70%的代森锰锌喷施棉株中下部有防治效果。
