就一般的印象而言,蕨类植物是生长在阴暗潮湿的林地角落里,但其实蕨类植物可以生长的栖地范围要比这多出许多,亦有居住在高海拔的山区、干燥的沙漠岩地、水里或原野等地区的物种。蕨类植物一般认为大多生长在特定的边缘地带,通常是在环境限制了种子植物兴盛的地方。但某些蕨类植物却是这世上最烦人的杂草,包括生长在英国高地的蕨属或生长在赤道附近湖泊的满江红属,两者都形成了广泛且具侵略性的领域。蕨类植物的栖地主要有四种特定的类型:湿暗的森林、岩地的裂缝,尤其是可以挡住全部太阳的地方、泥塘和沼泽等酸性湿地、以及赤道的树上,其中许多物种为附生植物。
许多蕨类植物和具有菌根的菌类有着关连性。许多蕨类植物只生长在特定的酸碱值下,如海金沙只生长在潮湿且强酸性的土地上,而球茎冷蕨则只生长在石灰岩上。
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