多组学分析中国野生毛葡萄芪类物质代谢调控机制
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目录
第一章 文献综述
1.1 葡萄抗白粉病研究进展
1.2 白藜芦醇及衍生物代谢途径研究进展
1.2.1 葡萄中白藜芦醇及其衍生物种类
1.2.2 葡萄中白藜芦醇衍生物合成途径
1.3 葡萄转录组和蛋白质组研究进展
1.3.1 葡萄转录组研究进展
1.3.2 葡萄蛋白质组研究进展
1.4 葡萄中基于共表达网络筛选核心转录因子研究进展
1.5 本研究的目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 材料
2.1.1 植物材料
2.1.2 主要试剂与仪器
2.2 方法
2.2.1 材料采集
2.2.2 葡萄果实RNA提取
2.2.3 转录组建库
2.2.4 转录组生物信息分析
2.2.5 实时荧光定量引物
2.2.6 实时荧光定量PCR
2.2.7 酵母单杂交验证
2.2.8 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员鉴定
2.2.9 染色体定位分析、基因聚类分析和外显子-内含子结构分析
2.2.10 基因保守模体分析和表达模式分析
2.2.11 基因克隆和序列分析
2.2.12 载体构建
2.2.13 VqNAC1功能验证实验使用引物
2.2.14 酵母自激活验证
2.2.15 亚细胞定位
2.2.16 葡萄叶片瞬时转化
2.2.17 葡萄果实蛋白质提取
2.2.18 iTRAQ蛋白质组实验流程
2.2.19 蛋白质组数据分析
2.2.20 代谢组分析
2.2.21 芪类物质含量测定
2.2.22 类黄酮和花青苷含量测定
第三章 结果与分析
3.1.1 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实转录组测序数据分析
3.1.2 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实转录组差异表达基因分析
3.1.3 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实转录组差异表达基因功能富集分析
3.1.4 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实中芪合成酶相关基因差异表达分析
3.1.5 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员鉴定
3.1.6 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员染色体定位分析
3.1.7 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员聚类分析
3.1.8 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员外显子-内含子结构分析
3.1.9 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员保守模体分析
3.1.10 葡萄白藜芦醇主要衍生物代谢基因家族成员表达模式分析
3.1.11 转录因子-芪合成酶基因共表达分析
3.1.12 VqNAC1基因调控芪类物质积累
3.1.13 中国野生毛葡萄新转录本组装与注释
3.1.14 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实转录组可变剪接分析
3.1.15 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’中参与调控芪合成酶基因长链非编码RNA分析
3.1.16 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实胁迫相关差异表达基因分析
3.1.17 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’转录组SNP分析
3.1.18 两个葡萄材料果实四个发育时期转录组分析小结
3.2 两个葡萄材料果实四个发育时期蛋白质组分析
3.2.1 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实差异蛋白分析
3.2.2 转录组和蛋白组关联分析
3.2.3 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’差异蛋白功能分析
3.2.4 两个葡萄材料果实四个发育时期蛋白质组分析小结
3.3 两个葡萄材料果实四个发育时期代谢组分析
3.3.1 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实代谢组分析
3.3.2 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实芪类物质含量测定
3.3.3 ‘丹凤-2’和‘赤霞珠’果实黄酮类物质含量测定
3.3.4 两个葡萄材料果实四个发育时期代谢组分析小结
3.4 多组学分析中国野生毛葡萄芪类物质代谢调控机制
第四章 讨论
4.1 芪合成酶基因表达受多种转录因子调控
4.2 胁迫相关差异表达蛋白参与植物抗病
4.3 苯丙氨酸代谢途径差异表达蛋白参与芪类物质代谢调控
4.4 芪类物质代谢及其对真菌病害的防御作用
第五章 结论和创新点
5.1 结论
5.2 创新点
参考文献
附录
致谢
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