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育种方法有很多，其中有三种育种方法能打破生殖隔离，它们是基因工程、多倍体育种、植物体细胞杂交。
基因工程又叫基因拼接技术或DNA重组技术，这种技术是在生物体外，通过对DNA分子进行人工“剪切”和“拼接”，对生物的基因进行改造和重新组合，然后导入受体细胞内进行无性繁殖，使重组基因在受体细胞内进行无性繁殖，使重组基因在受体细胞内表达，产生出人类所需要的基因产物。它所应用的原理是：基因是控制生物性状的结构和功能单位。可以将细菌的基因导入植物中表达，也可以将人的基因导入细菌中表达。例如：抗虫棉培育和产生人胰岛素的工程菌的培育。
多倍体育种往往先让两种植物进行有性杂交，产生一种高度不育的杂交植株，然后用秋水仙素处理，使其染色体加倍以恢复其育性，这样，就产生了具有两种植物的性状植物。如小黑麦的培育。
植物体细胞杂交是先让两种植物的体细胞进行融合，使杂种细胞具有两种植物的遗传物质，再通过植物组织培养将它培养成杂交植株。这样的植物具有两种植物的性状。如番茄马铃薯的培育。
当然，有时候三种方法可以取得同样的目标。但三种方法在打破生殖隔离上是有一定区别的，基因工程育种实现了种间性状的定向改造，跨度也是最大的。而多倍体育种中要求两种植物亲缘关系有点近，跨度是最小的。
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