兵贵神速：且看 R 软件绘制高级论文图
丁香园2018-12-19
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曼哈顿图，学名 Manhattan plot，是全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）的标配，可以展示所有染色体上的不同位置的 SNP 的显著水平，因酷似曼哈顿的海边景色（高楼林立的）所以称为曼哈顿图。
本质上，曼哈顿图是以 SNP 在基因组上的坐标 / 位置为 X 轴，以显著水平（通常是 - log(P)）为 Y 轴的散点图，所以理论上说所有能做散点图的工具都能画曼哈顿图。
但是你想一想全基因组有多少 SNP，然后还要坐成能用来发表的酷炫的样子，像 Excel 这种强（fei）大（jin）的工具还是算了吧（卡死电脑是必然的，然后调整染色体的标签，标注不同的颜色等都很麻烦）…… 除了是 GWAS 的标配外，你做一个 EWAS 也可以画曼哈顿图，做一个表达分析也可以做一个曼哈顿图，只要是你想要看基因组上不同的位置的都可以做。
由于二代测序技术的发展，测序的价格不断下降，GWAS 研究越来越多得应用于各种疾病的研究中，而用于做曼哈顿图的工具也开始有所增加，比如 Java 程序 Haploview， python 的 geneview 库等。
今天要跟大家介绍的是 R 语言的 2017 年 3 月 20 号更新的 CMplot 包，优点如下：
操作简单，一行代码搞定曼哈顿图；
形式多样，长方形、环形，甚至可以做出 Circos 的效果；
可以比较多个不同性质的结果；
QQ 图，density 图一网打尽。
操作流程
在 R 中 输入 install.packages(「CMplot」)，然后选择一个镜像，一般选择 China 开头的，离你所在的城市近的就好啦
加载 CMplot 包输入 library（CMplot）
准备 / 读入数据a<-read.csv（「cmplot.csv」，header=T）
数据的格式为一个至少四列的数据表：
第一列是标记名如 SNP 编号，甲基化探针名等；
第二列是染色体编号，推荐使用纯数字表示；
第三列是标记的基因组坐标；
第四列及以后各列是相关性 p 值，一种性状的相关性 p 作为一列，可以有多列。如下图所示：
CMplot(a)
结果如图所示：
另外 CMplot 还给出了其他形式的图：
环状曼哈顿图
QQ 图
密度图
（已经很美了 T-T）还是说自定义吧
CMplot 的参数及解释 ↓
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