首页 > 分享 > 分子标记技术

分子标记技术

花匠小妙招
2024-11-02 14:56

分子标记技术
随着分子生物学技术在各个领域的发展,产生另一类重要的遗传标记,即以直接检测DNA分子碱基序列变异为基础的分子标记。
依据分子生物学检测技术,可分为两类:一是以分子杂交技术为核心的分子标记(如RFLP和以各种重复序列克隆作探针的分析方法);二是以PCR技术为核心的分子标记,它又可分为单引物PCR标记和双引物PCR标记。前者如随机扩增多态DNA(random amplified Polymorphic DNA,RAPD)和DNA扩增指纹分析(DNA amplification finger,DAF);后者如扩增片段长度多态性(amplification fragment length polymorphism,AFLP)、简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)和序列标签位点(sequence-tagged site,STS)。
各类标记的基本原理
(一)RFLP标记
限制性酶切片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP),是用限制性内切酶处理不同个体基因组DNA所产生的大分子片段的大小的多样性。RFLP多态的原因是点突变导致的限制性位点改变和基因顺序重排(包括大基因片段的缺失和插入),该技术把提取的DNA用限制性内切酶切割成不同的、大小不等的DNA分子片段,经电泳分离,转移到尼龙或纤维素薄膜上,再与一个已知的DNA分子探针,经同位素标记,进行Southern杂交,经放射自显影得到DNA的限制性片段多态性。大多数RFLP标记表现为二态或三态,。
(二)RAPD标记
RAPD技术是以随机引物(一般为8~10bp)通过PCR反应非定点扩增DNA片段,然后用凝胶电泳分离扩增片段,经染色来显示扩增DNA片段的多态性。扩增片段多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD所使用的引物量各不相同,但对任一特定引物,它在基因组DNA序列上有其特定的结合位点,一旦基因组在这些区域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变,就可能导致这些特定结合位点的分布发生变化,从而导致扩增产物数量和大小发生改变,表现出多态性。就单一引物而言,其只能检测基因组特定区域DNA多态性,但利用一系列引物则可使检测区域扩大到整个基因组,因此RAPD可用于对整个基因组DNA进行多态性检测,也可用于构建基因组指纹图谱。
与RFLP相比,RAPD具有以下优点①技术简单,检测速度快;②只需少量DNA样品;③不依赖于种属特异性和基因组结构,一套引物可用于不同生物基因组分析;④成本较低。但RAPD也存在一些缺点: ①RAPD标记是一个显性标记,不能鉴别杂合子和纯合子; ②存在共迁移问题,凝胶电泳只能分开不同长度DNA片段,而不能分开那些长度相同但碱基序列组成不同的DNA片段。③RAPD技术中影响因素很多,所以实验的稳定性和重复性差。
(三)SSR标记
微卫星DNA,又称简单序列重复(simple sequence repeat,SSR),主要以1~6个核苷酸为基本单位,串联重复次数一般为10~50。同一类微卫星DNA可分布在基因组的不同位置上。每个SSR座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列,根据这一特点可设计一对特异引物来扩增不同重复次数的SSR序列。经聚丙烯酰胺

分子标记技术来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处.