当整个植株全部成熟后,连株拔起,晾干后再脱粒。在种子成熟时适逢气候不宜,或是过于晚熟的种子,可把未完全成熟的种子,连株拔起,捆扎后悬挂于通风处,使之后熟。在一株上,宜选其第一、二、三朵花,或者说选早开花的种子,以及着生在主于或主枝上的种子。一些晚开花的以及枝梢的花朵所结的种子,均不宣作为采种用。因为盛花期过后的花朵,往往结实不好,特别是一些夏秋开花的花卉,到晚秋往往种子不能成熟或受精不完全,从而得不到良好的种子。
种子采收后必须立即编号,注明采收日期、名称、颜色等。花卉种子的采收,还要注意不同品种,分别采收,如三色堇有墨紫色、紫色、黄色、紫黄相间、蓝色等不同园艺品种,必须分别标号和采收,以便得到纯种。