农业生产中之所以特别强调有机肥与化肥配合施用是因为有机肥料配合与化学肥料配合施用是一预科学施程的决策。这是由有机肥料和化学肥料的性质和特点所决定的。
现对比分析如下：
第一，优质有机肥料中都含有较多的有机物质，常年施用优质有机肥料，不仅能增加土壤有机质的含量，并能使土壤有机质得到不断地更新，从而使土壤的理化性质有所改善，因而有明显的改土作用；而化学肥料不含有机质，没有直接的改土作用，但在提高作物单产的同时，留在土壤中的根茬相应地增多，就成为土壤有机物的一部分，因而，化肥有间接的改土作用。
第二，有机肥料种类多、来源广，所含养分全面，人们称它为完全肥料，但是有机肥料的养分含量很低，1000千克优质厩肥中只含有5千克氮素（N)；而化学肥料养分含量高，100千克尿素中就含有46千克的氮素。不过，化学肥料的缺点是它所含养分的种类比较单一。就拿尿素来说，它只含氯素，不含磷和钾，而过磷酸钙中只含磷，不含氮和钾，单独施用某种单质化肥不能满足作物的营养需求。
第三，有机肥料中的养分大多是有机态的，需要经过土壤微生物不断的分解才能逐渐转变为无机态的、作物可以吸收利用的矿质养分，因而有机肥类的肥效缓慢，但持续时间长，并有后效；而绝大多数化学肥料所含养分是水溶性的，作物可以直接吸收利用，肥效迅速，见效快，能在作物最需要养分的时候提供养分，但它的肥效短，不能持久。
通过两者的比较，不难看出，有机肥料和化学肥料各有优缺点，而且有机肥料的某些优点，正是化学肥料的缺点，而化学肥的某些优点正是有机肥料的缺点。因此，两者配合施用就可以相互取长补短，充分发挥各自的优点，从而提高肥效。这就是二者配合施用的科学道理。
根据有机肥料的性质，其中的养分主要是有机态养分，需经土壤微生物分解才能把养分释放出来，所以有机肥料在施用时要注意3点：一是应该做基肥施用，以满足作物生长中后期对养分的需要；二是应结合翻地把肥料施得深些，以利作物根系吸收。此外，在菜地上也可用腐熟程度高的有机肥料作追肥。三是有机肥料应事先经过堆肥化处理，进行堆制可以利用微生物分解有机肥时产生的高温（70℃）杀灭病菌、虫卵和草籽。
特别提示
（1）有机肥料与化学肥料配合施用是一项科学施肥决策和施肥原则，应该坚决贯彻执行。
（2）因为有机肥料与化学肥料是两类不同性质的肥料，二者配合施用，可以取长补短，增进肥效，有利于农业可持续发展。
（3）有机肥和化肥配合施用，不仅可以促使作物高产、满产，而且可以培肥改士，提高土壤肥力，在提高作物单产的同时，又可以节省化肥用量。
