向日葵抗旱自交系叶片转录组SNP位点信息挖掘
《中国农学通报》 2023年09期
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温玉洁 赵雅杰 朱孔艳 赵榕 王猛 乔益民 包海柱 高聚林 开通知网号
【摘要】：为探究响应向日葵干旱胁迫的转录组SNP标记信息，以向日葵抗旱自交系17062为供试材料，利用RNA-seq技术结合生物信息学分析方法，对SNP标记进行统计分析。结果表明，SNP类型分析中，转换率占62.82%，颠换率占37.17%，转换中以C/T发生频率最高，为31.51%。功能原件分布中，分布在外显子区的SNP数量为178744.3个，显著多于其他功能元件。对SNP位点序列注释发现，有76678条SNP基因具有GO注释，4379条具有KEGG注释。筛选GO注释排序前30位(Top30)差异基因(DEGs)中重复存在的SNP基因序列，得到1542条，其中650条基因序列有GO注释。这些差异基因涉及到了多个生物功能与重要代谢途径，对向日葵转录组SNP标记开发、向日葵抗旱种质资源鉴定及抗旱“三系”杂交种选育具有重要意义。
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