鹞落坪保护区森林植被属于北亚热带落叶-常绿阔叶混交林带的组成部分 。保护区的植物区系属于泛北极植物区、中国-日本森林植物亚区的华东区,是华中、西南、华北、东北及华南植物与华东植物区系的渗透、过渡和交汇地带,植物区系复杂,植物种类繁多。据初步调查,这里有高等维管束植物2000余种,占安徽省总种数的2/3;有野生种子植物134科,590属,1428种。其中有2种为已知仅分布于日本九州岛的中国地理分布新纪录,有3属31种、3变种为安徽省植物地理分布新纪录。虽然保护区面积还不到全省国土面积的万分之八点八,但全省高等维管束植物种类的2/3都可以在这里找到,可谓大别山区一个宝贵的植物物种基因库。
保护区有国家首批公布重点保护的珍稀濒危野生植物23种,如:大别山五针松、金钱松、香果树、领春木、天女花、银杏、厚朴、凹叶厚朴、连香树、杜仲、白辛树、天目木姜子、黄山木兰、黄山花楸、紫茎、短萼黄连、八角莲、天麻、野大豆、青檀、天竺桂、榧树、巴山榧树等。区内还有国内少见、大面积集中分布的小叶黄杨林、多枝杜鹃林,还有呈块分布的香果树、领春木群落。
保护区地质历史古老,由于受第四纪冰川影响不大,因此成为许多古老植物的避难所之一,保存了大批古老孑遗植物及系统演化上原始或孤立的科、属。在本区被子植物中,单型科有4个,即杜仲科、大血藤科、透骨草科和银杏科;有世界性单型属29个,如连香树属、香果树属、杜仲属等;有世界性少型属78个,如领春木属、华箬竹属、大百合属等。此外区内还分布有相当丰富的古老孑遗物,如银杏、领春木、连香树、金钱松、三尖杉、米心水青冈、杜仲、青皮木等。
这里也是一些进化中的植物繁衍的场所,形成了一批地方特有植物,如大别山五针松、多枝杜鹃、长梗胡秃子、鹞落坪半夏、大别山冬青、美丽鼠尾草等数十种植物的模式标本均采自本区。 这里还分布有安徽特有植物和中国特有植物14属,如安徽槭、安徽碎米、安徽贝母、金钱松属、杜仲属、青檀属、独花兰等。因此鹞落坪保护区被专家一致誉为是我国不可多得的植物物种宝库。
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