铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析
《分子植物育种》 2019年10期
收藏 | 投稿 |
论文排版
史小华 马广莹 邹清成 田丹青 开通知网号
【摘要】：铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和Unigenes。对Unigenes进行序列比对、功能注释和分类、基因编码区预测及单核苷酸多肽标记(SSR)分析,结果显示,本次测序共获得转录本94 067条,代表的Unigene共有70 119条;Unigenes在非冗余蛋白数据库(Nr)比对,E值得分最高的物种中,睡莲占比最高;Unigenes在GO分类中注释到46个次级功能条目,在KOG功能分类中"翻译后修饰,蛋白开关和分子伴侣"功能注释到的基因最多;通过Nr数据库和软件分析,共有58 403个基因编码区被预测到;同时软件分析共获得SSR分子标记9 057条。本研究较早地为铁筷子的分子研究提供了转录组数据,相关研究结果对促进今后铁筷子基因发掘、分子标记育种等工作将产生积极意义。
下载App查看全文
下载全文 更多同类文献 个人查重>> 个人AIGC检测>> 文献综述>>
(如何获取全文？ 欢迎：购买知网充值卡、在线充值、在线咨询)
CAJViewer阅读器支持CAJ、PDF文件格式，AdobeReader仅支持PDF格式
【引证文献】 中国期刊全文数据库 前2条 1 邓文辉;赵雷;史小华;杜灵娟;铁筷子种质资源开发利用研究进展[J];现代园艺;2022年21期 2 赵雪艳;王莉;王方圆;周亚福;李艳;铁筷子种胚形态后熟过程的解剖学研究[J];陕西农业科学;2021年08期 【参考文献】 中国期刊全文数据库 前8条 1 程云清;张丽娜;赵永斌;刘剑锋;平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选[J];园艺学报;2018年01期 2 张少平;张少华;邱珊莲;张帅;吴松海;何炎森;郑开斌;郑加协;基于转录组测序的紫背天葵花青素相关基因分析[J];核农学报;2018年04期 3 倪飞;励文豪;蔡苗苗;林二培;童再康;黄华宏;光皮桦转录组及S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因分析[J];农业生物技术学报;2018年03期 4 史小华;邹清成;金亮;安霞;周江华;马广莹;铁筷子花粉育性与形态比较研究[J];分子植物育种;2018年05期 5 杨凤英;苏艳芳;毛浩萍;小桃儿七螺甾烷皂苷及其抗肿瘤细胞活性[J];济南大学学报(自然科学版);2015年01期 6 张艳红;杨健;苗芳;尉耀元;周乐;大孔吸附树脂分离富集铁筷子总皂苷的研究[J];西北农业学报;2008年06期 7 刘萍;宋磊;任毅;田先华;张小卉;铁筷子(毛茛科)营养器官的结构及其系统学意义[J];西北植物学报;2006年11期 8 王振军,刘立伟,苗芳铁筷子多糖抑制鼠S180生长的形态学观察[J];泰山医学院学报;2004年05期 【相似文献】 中国期刊全文数据库 前10条 1 史小华;马广莹;邹清成;田丹青;铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析[J];分子植物育种;2019年10期 2 张嵘梅;刀培春;段元路;李若游;中国铁筷子属植物的栽培技术及其价值分析[J];农学学报;2024年04期 3 史小华;邹清成;金亮;安霞;周江华;马广莹;铁筷子花粉育性与形态比较研究[J];分子植物育种;2018年05期 4 白燕枫;IPM埃森国际植物展新品种掠影[J];中国花卉园艺;2007年06期 5 田航周;试论陕产铁筷子的化学成分及药理作用[J];家庭医药.就医选药;2018年11期 6 奚丹丹;高璐;李晓锋;朱玉英;朱红芳;基于转录组测序的菜薹SSR分子标记开发及初步验证[J];分子植物育种;年期 7 师尧;张永平;汤雨凡;曹燕燕;姚东伟;田守波;乔宏宇;刁倩楠;基于转录组测序的甜瓜SSR分子标记开发[J];分子植物育种;年期 8 贺润丽;尹桂芳;李春花;王莉花;马颖榆;王梦莹;阎仕豪;苦荞种皮转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发[J];分子植物育种;2020年18期 9 陈林杨;刘萍;董蓉娇;刘梦雨;赵东兴;杨永智;赵志昆;基于SSR分子标记的柚资源遗传多样性分析[J];西南农业学报;2020年11期 10 蔡金峰;杨晓明;郁万文;汪贵斌;曹福亮;基于苦楝转录组测序的SSR分子标记开发[J];林业科学;2021年06期 中国重要会议论文全文数据库 前10条 1 陈烨丽;薄天岳;陈学好;陈锦秀;缪体云;球茎甘蓝雄性不育相关基因的SSR分子标记筛选[A];中国园艺学会2010年学术年会论文摘要集[C];2010年 2 尤卫艳;黄华宏;童再康;朱玉球;光皮桦SSR分子标记体系的建立[A];第六届全国林木遗传育种大会论文集[C];2008年 3 艾烨;刘太国;高利;陈万权;SSR分子标记及其在植物病原真菌研究中的应用[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年 4 王书珍;丁毅;苦瓜基因组SSR分子标记引物的开发与利用[A];基因开启未来：新时代的遗传学与科技进步——湖北省遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2009年 5 李小白;金凤;向林;秦德辉;谢鸣;孙崇波;建兰基因内部SSR标记的初步开发[A];中国观赏园艺研究进展（2014）[C];2014年 6 王萌;段霞瑜;周益林;沈崇尧;SSR分子标记在植物病原真菌遗传图谱构建和无毒基因定位中的应用[A];中国植物病理学会2009年学术年会论文集[C];2009年 7 陈罡;钟鸣;徐正进;SSR标记及其在水稻抗稻瘟病研究中的应用[A];中国植物病理学第七届青年学术讨论会论文集[C];2005年 8 李成云;刘林;杨静;业艳芬;李进斌;叶敏;王杨;王云月;朱有勇;稻瘟病菌基因编码区中SSR序列的理论和实验分析[A];2005中国植病学会、中国菌物学会北海联合年会论文集[C];2005年 9 张元元;冯举伶;张康康;薛振宇;闫强强;姚立蓉;孟亚雄;司二静;李葆春;马小乐;王化俊;汪军成;青稞遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析[A];第二十届中国作物学会学术年会论文摘要集[C];2023年 10 仓晓燕;李文凤;单红丽;王晓燕;张荣跃;王长秘;黄应昆;甘蔗抗褐锈病新基因定位抗感病池构建及SSR分子标记筛选[A];植物健康与病虫害防控[C];2020年 中国博士学位论文全文数据库 前10条 1 申展;基于形态学特性和SSR分子标记的文冠果种质资源评价与选优研究[D];北京林业大学;2017年 2 包文泉;基于形态、叶绿体基因组及核基因组SSR的仁用杏分类地位研究[D];中国林业科学研究院;2017年 3 刘乃新;甜菜SSR分子标记的开发应用及差异代谢产物分析[D];东北林业大学;2020年 4 杜方;百合不同器官转录组分析及SSR标记开发应用[D];浙江大学;2014年 5 张连举;利用SSR和特殊基因序列对中国杂草稻的遗传多样性与起源的分析研究[D];南京农业大学;2010年 6 熊冬金;中国大豆育成品种（1923-2005）基于系谱和SSR标记的遗传基础研究[D];南京农业大学;2009年 7 张艳芳;利用形态学和SSR标记建立柿核心种质[D];华中农业大学;2010年 8 鲁晓萍;条斑紫菜抗性相关代谢路径分析及其SSR分子标记筛选[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2016年 9 娄燕宏;高羊茅农艺和品质性状的遗传多样性及其SSR标记的关联分析[D];湖南农业大学;2015年 10 谈静;西南桦生长、形质和材性性状的SSR关联分析[D];中国林业科学研究院;2019年 中国硕士学位论文全文数据库 前10条 1 靳海笛;铁筷子属（Helleborus Linn.）植物引种评价及耐热性研究[D];西北农林科技大学;2023年 2 陈翠蓉;基于全长转录组的福建多花黄精SSR分子标记开发与应用[D];福建农林大学;2023年 3 梁帅;蓖麻蚕SSR分子标记的开发及应用[D];江苏科技大学;2021年 4 徐伟;油桐属植物SSR分子标记的开发和种质遗传多样性的研究[D];扬州大学;2012年 5 代涵;油茶主要农艺性状与SSR分子标记的关联比较分析[D];贵州师范大学;2024年 6 姚剑峰;基于转录组的非洲菊SSR分子标记开发与应用[D];福建农林大学;2017年 7 张宏亮;低温胁迫下西葫芦转录组分析与SSR分子标记开发[D];山西农业大学;2015年 8 刘婧仪;番茄萼片形态学性状与SSR分子标记的关联分析[D];西北农林科技大学;2014年 9 李昂;基于SSR标记的藏茴香种质资源遗传多样性研究[D];青海大学;2023年 10 满莉;基于SSR分子标记的兴安杜鹃群体遗传结构研究[D];东北师范大学;2016年
相关知识
一种基于杜鹃花转录组数据的ssr分子标记引物及其筛选方法与应用
利用SSR分子标记构建甜瓜遗传图谱
基于SSR标记的28种石竹属花卉遗传多样性分析
基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
基于SSR标记探讨三种金花茶植物的遗传多样性和遗传结构
大麦黄花叶病抗性鉴定及关联SSR标记的筛选
荷花花器官性状与SSR标记的关联分析
北方花生育成品种（系）分子标记鉴定及系谱分析
杜鹃花F1代群体主要表型性状及SSR标记的多样性分析
SSR分子标记的发展及其在动植物遗传育种中的应用
网址: 铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析 https://m.huajiangbk.com/newsview622898.html
