基于机器学习的抗病土壤细菌群落组成鉴定与功能验证

• 花匠小妙招
• 2024-11-20 13:56

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目录

第一章绪 论

1.1 植物免疫系统概述

1.1.1 病原菌与寄主植物识别

1.1.2 细胞程序性死亡与植物超敏反应

1.1.3 植物免疫反应过程

1.1.4 丁香假单胞菌(Pst avrRpt2)-拟南芥病害模型介绍

1.1.5 植物转录组概述

1.2 植物常见病原菌类型

1.2.1 十大植物细菌性病原菌清单

1.2.2 十大植物真菌性病原菌清单

1.3 土壤微生物组参与植物免疫防御调控

1.3.1 根际微生物概述

1.3.2 根际微生物参与植物抗逆性

1.3.3 16S rRNA基因测序概述

1.4 植物病虫害防治概述

1.4.1 物理防治

1.4.2 化学防治

1.4.3 生物防治

1.5 机器学习和大数据分析

1.5.1 机器学习概述

1.5.2 机器学习在微生物组中的应用

1.6 研究目的、意义和主要内容

1.6.1 研究目的与意义

1.6.2 主要内容

第二章大数据分析抗病土壤微生物群落

2.1 引言

2.2 材料与方法

2.2.1 数据收集和描述

2.2.2 单项独立研究数据预处理

2.2.3 多项独立研究数据合并

2.2.4 数据统计与分析

2.3 结果与讨论

2.3.1 样本分布

2.3.2 感病和抗病土壤中微生物群落Alpha多样性指数分析

2.3.3 感病和抗病土壤中微生物群落Beta多样性指数分析

2.3.4 感病和抗病土壤中微生物群落组成结构

2.4 本章小结

第三章机器学习预测抗病土壤有益菌

3.1 引言

3.2 材料与方法

3.2.1 随机森林算法模型构建与验证

3.2.2 农药相关HTS数据处理

3.2.3 数据统计与分析

3.3 结果与讨论

3.3.1 建立机器学习模型与精确性评估

3.3.2 机器学习识别潜在有益菌

3.3.3 生物标志物之间的相互作用

3.3.4 化学防治对细菌群落抑制疾病能力的影响

3.4 本章小结

第四章拟南芥抗病性在连续传代过程中提高

4.1 前言

4.2 材料与方法

4.2.1 实验试剂与仪器设备

4.2.2 拟南芥与丁香假单胞菌的培养

4.2.3 传代培养及根际微生物收集

4.2.4 16S rRNA基因测序与分析

4.2.5 RNA提取和测序

4.2.6 芽孢杆菌接种拟南芥

4.2.7 拟南芥转录组RNA测序数据分析

4.2.8 数据统计与分析

4.3 结果与讨论

4.3.1 根际微生物连续传代中植株生长状态变化

4.3.2 连续传代过程中细菌群落组成变化

4.3.3 抗病土壤诱导植物的转录组表达谱

4.4 本章小结

第五章结论与展望

5.1 结论

5.2 展望

参考文献

致谢

作者简介

1 作者简历

2 攻读硕士学位期间发表的学术论文

3 参与的科研项目及获奖情况

学位论文数据集

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