槟榔细菌性叶斑病菌全基因组测序及比较基因组学分析
槟榔细菌性叶斑病菌全基因组测序及比较基因组学分析
【摘要】：由须芒草伯克霍尔德氏菌(Burkholderia andropogonis)侵染引起的槟榔细菌性叶斑病是槟榔生产上最严重的细菌性病害之一。对代表性菌株Y30 (中国典型培养物保藏中心编号:CCTCC AB2014035)进行了初步测序,通过Illumina Hiseq 2000平台测序,Y30共产生1 207 Mb数据。基于测序数据组装获得的Y30基因组大小为7 075 563bp,GC含量58.67%,共33个scaffold,155个contig。通过基因预测、重复序列预测、非编码RNA预测等方法获取Y30基因组的组成情况。Y30的基因组含有7 081个基因,总长度为6 231 444bp,平均长度880bp,占基因组全长的88.07%。串联重复序列共120个,总长为19 152bp,占基因组全长的0.27%。小卫星序列49个,微卫星序列38个。tRNA 58个,rRNA 12个。将菌株Y30与其他Burkholderia全基因组序列进行了共线性分析,结果显示Y30菌株与B.cenocepacia菌株J 2315和B.xenovorans菌株LB400全基因组核酸共线性最高。用Glimmer3.0软件对Y30基因组的ORF进行预测,获得7 081个编码基因,依据COG分类标准将7 081个基因划分为22类。通过与KEGG数据库进行比对,Y30的7 081个基因可划分为34类。
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