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分享12个非常实用的在线数据分析小工具，你值得拥有！

花匠小妙招
2024-12-05 19:12

分享12个非常实用的在线数据分析小工具，你值得拥有！ 2023-08-07 09:12

　　俗话说“工欲善其事，必先利其器”，在搞科研的过程中“升级打怪”，又怎能少的了一些利器加持呢?下面就为大家分享12个实用的在线数据分析小工具!

　　1.热图

　　热图，主要使用渐变颜色来展现数据在不同样本中的变化规律，工具除了支持为热图添加分组注释条，也可以指定展示特定的文字标签，即使绘制上百个基因的热图，基因标签也不会重叠在一起。

　　2、GO、KEGG富集分析工具

　　OmicShare的GO、KEGG富集分析工具非常强大，只需上传目的基因文件，即可进行常见物种的GO、KEGG富集分析。分析结果中，直接包含数据可视化结果，比如柱状图、圈图、网络图等。

　　3、GSEA工具

　　GSEA分析(Gene Set Enrichment Analysis)不会对基因预过滤，能够有效弥补传统富集分析对微效基因的有效信息挖据不足等问题，更全面地对某一功能单位(通路、GO term或其他)的调节作用进行解释。

　　4、基因ID转换工具

　　如果是拟南芥、牛、山羊、秀丽线虫、果蝇、斑马鱼、鸡、人、猕猴、小鼠、籼稻、水稻、大鼠、酵母、番茄、猪、小麦、玉米这18种常见物种的Gene stable ID/Gene name/NCBI gene ID/Gene_Synonym这四种ID类型，可以直接使用OmicShare Tools的基因ID转换工具进行转换。

　　5.差异分析

　　差异分析就是计算两组样本之间差异表达的基因。OmicShare差异分析工具是参照软件edgeR和DESeq2对两组样本间的基因差异显著性进行分析的。

　　6、韦恩图

　　在文献中，韦恩图(Venn diagram)还是比较常见的，在高通量数据分析中，常用于展示不同样本(或比较组)间共有或特有基因的数量。使用OmicShare的动态丰度维恩图和维恩图工具，除了绘制组数更多的花瓣Venn图，也可以直接上传原始的数据表格，自动指定阈值进行筛选数据并绘制Venn图。

　　7、桑基图

　　桑基图(SanKey Plot)非常适合展示数据的流动变化，输入关联分析数据或其他数据绘制桑基图，查看数据的流向，或展示数据间的关联。

　　8、文字云图

　　文字云(Word Cloud)，不同的单词代表不同的类别，字号大小对应数值的大小(如单词的出现次数)。常用于展示关键单词的属性数值大小(如频数、表达量、基因数等)，单词可以是文献关键词、基因Symbol号、GO term等。

　　9、箱型图

　　显著性箱线图，它能直观展示每个分组的整体数据分布、中位数信息、数据上下限等。通过添加显著性标记，还能直观看到两组间、多组间的显著性差异信息。

　　10、山峦图

　　山峦图(Ridgeline plots)，本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合，也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图，主要用于展示和比较数据(比如基因的表达量、物种的丰度等)的分布情况。

　　11、方差分析

　　方差分析工具，支持Bartlett test方差齐性检验、单因素方差分析(one-way ANOVA)，同时提供Fisher's LSD(Least Significant Difference)、Tukey's HSD (honest significant difference)、Games-Howell这3种多重比较方法供用户选择。

　　12、多组差异散点图

　　多组差异散点图，以组间差异倍数的对数值log2FC为纵坐标，以比较组的名称为横坐标，可一次性展示多个比较组的差异基因。一般而言，对于传统的火山图，一张图一次只能展示一个比较组的差异基因，而多组差异散点图可视作多组“火山图”，可一次性展示多个比较组的差异基因。

　　当然在线数据分析小工具还有更多其它的，这里就不一一详细说明了，以上可供大家参考。

来源：瑞欣文化