荷花最开始出现在一亿年前的早白垩世劳亚古陆中纬度地区，然后在晚白垩世向北美及欧亚大陆大范围扩散，并逐步进入南美。在距今530万年至180万年的上新世，荷花得到极大繁荣，但由于更新世（距今260万年至1万年）的冰川导致欧洲及中亚的荷花灭绝，只有北美和亚洲的居群在低纬度的避难所生存了下来，所以，尽管全世界已经发现荷花化石数十种，但现存活体种类仅有两个，即产于亚洲的亚洲莲（Nelumbo nucifera）和美洲及加勒比岛国分布的美洲莲（N. lutea）。既然荷花远远早于国家就在很多地方存在了，因此，关于荷花起源中国、印度或者东方的争议就没必要继续了。但是，现存的荷花，特别是亚洲莲，哪个居群最原始、哪个最进化这一科学问题是很值得研究回答的。
