常见作物遗传和基因组数据库分享
之前，在 《分享12个植物研究相关的数据库》 和 《分享10个水稻研究相关的数据库》 两篇文章中已经介绍过22个植物研究相关的数据库，这里再分享10个常见的作物遗传 和基因组数据库，希望对大家的研究有帮助！
1. 小麦基因组数据库（IWGSC）
国际小麦基因组测序协会（International Wheat Genome Sequencing Consortium，IWGSC）是一个由小麦种植者和植物科学家组成的国际合作组织，成立于2005年。IWGSC的愿景是获得高质量的小麦基因组序列，加速品种改良，为小麦的科学研究提供帮助。
数据库链接：
https://www.wheatgenome.org/
2. 小麦蛋白组数据库
Wheat Proteome数据库的核心是以不同器官和不同发育阶段（24种样本类型）进行蛋白质组研究，在主页上可直接点击相应图像进行查看，如下图。此外，还提供了带有注释并与整个细胞代谢网络相关的五个RNA-seq数据集，可作为靶向蛋白质组学分析的检索工具。
数据库链接：
https://wheatproteome.org/
3. 玉米遗传和基因组数据库
MaizeDGDB是长期面向社会，主要为从事模式生物玉米研究的相关人员提供信息服务。
数据库连接：
https://www.maizegdb.org/
4. 大豆基因组和遗传数据库
SoyBase数据库于1990年建立，最初只包含大豆相关的遗传信息，如遗传图谱和大豆孟德尔遗传学信息。随着大豆基因组序列的发布，基因、序列、转录组数据、甲基化数据等也逐渐集成到SoyBase中。
数据库链接：
https://www.soybase.org/
5. 棉花基因组学遗传学数据库
CottonGen是一个棉花基因组学、遗传学和育种数据库，旨在支持棉花的基础和应用研究。最初整合来自CottonDB和Cotton Marker Database的数据，包括序列、遗传和物理图谱、基因型和表型标记、QTL、病原菌、种质资源收集和性状评估、文献引用等，之后扩展到包括转录组数据、基因组序列、标记性状信息和育种数据等。
数据库链接：
https://www.cottongen.org/
6. 番茄基因优先级排序平台
TomatoNet是一个基于网络的番茄（ Solanum lycopersicum ）基因优先级排序平台。番茄是人类重要的食物来源，也是认识果肉水果的模式作物。为了通过网络生物学方法促进番茄复杂性状(如果实发育和成熟)的遗传解析，TomatoNet将22,549个番茄基因与721,626个功能联系通过贝叶斯统计框架推断连接起来。
数据库链接：
https://www.inetbio.org/tomatonet/
7. 茄科作物基因组数据库
Sol Genomics Network (SGN)是一个致力于收集茄科植物（包括番茄、马铃薯、辣椒、矮牵牛和茄子等）基因组信息的数据库。
数据库链接：
https://solgenomics.net/
8. 葡萄属植物基因组学数据库
VitisGDB（Vitis genome and genetic database）是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库，收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装数据，鉴定出9395万个SNP以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具，为用户提供方便的数据检索、下载和在线分析服务。
数据库链接：
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/
9. 谷子功能基因组学数据库
谷子（ Setaria italica ），是起源于中国的古老作物，有超过一万年的栽培历史。谷子是C4植物，具有抗旱、生长周期短、光合效率高等显著特点。因此，在半干旱热带地区，小米作为重要粮食作物备受青睐。SIFGD（Setaria italica Functional Genomics Database）是中国农业大学整合谷子数据和分析结果构建的功能基因组学数据库，同时，数据库还提供了一些基因功能分析工具，比如基因家族识别、BLAST搜索、GSEA、motif分析等。
数据库链接：
http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/index.html
10. 十字花科植物基因组资源综合数据库
Brassicaceae Database (BRAD)是由中国农业科学院蔬菜花卉研究所开发的十字花科植物基因组资源综合数据库，对组学数据资源的挖掘利用和分子设计育种有重要的意义。另外，除了提供传统的数据库服务（如基因功能注释、基因序列、在线BLAST和基因组浏览器等），BRAD还具有微共线性分析、系统发育树构建、变异图谱和引物设计等特色功能。
数据库链接：
http://brassicadb.cn
好啦，本次的分享就到这里啦！
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