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分享12个植物研究相关的数据库

01

AgBioData

农业研究依赖于数据,如今产生的大量农业生物数据使得科学的数据管理手段至关重要。AgBioData是一个由在农业生物数据库、数据档案和知识库上工作的人组成的联盟,致力于确定数据库开发、管理中的共同问题,创建更易查找、更易访问的数据库。

数据库链接:

https://www.agbiodata.org/

02

JGI Phytozome

Phytozome 是一个收录植物基因组数据的网站,通过将大量植物基因组数据整合成为一体,并执行统一的注释和分析,Phytozome促进了更精准的比较基因组研究。

数据库链接:

https://phytozome-next.jgi.doe.gov/

03

NGS Databases & sRNA Tools

二代测序(NGS)数据库,包括植物的RNA和基因组信息资源。

数据库链接

https://mpss.meyerslab.org/

04

plantpromoterdb 3.0

PPDB是一个植物启动子数据库,提供有关转录起始位点(TSSs)、核心启动子结构(TATA盒、启动子、GA和CA元件)和调控元件组(REGs)等转录调控元件信息。

数据库链接:

https://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

05

PRGdb 4.0

PRGdb,一个植物抗性基因数据库。植物具有识别潜在病原体和捕食者的能力,并激活防御机制来对抗它们。这些机制的激活是基于所谓的病原体识别基因(PRG)所编码的特定受体。通过研究单个基因可获得关于植物-病原体相互作用的知识。

数据库链接:

http://prgdb.org/prgdb/

06

TRY

TRY,植物性状数据库。植物性状与个体组织的形态学、解剖学、生化学、生理学或现象学特征,是理解和预测生态系统生物多样性和全球变化的关键。

数据库链接:

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

07

Plant Genome Editing Database

植物基因组编辑数据库(PGED),提供CRISPR/Cas9技术相关的植物信息,用以研究经济上重要的性状。用户可以通过选择感兴趣的物种并浏览携带突变基因列表,或使用特定基因ID(例如Solyc05g053230)搜索数据库。

PGED提供的信息包括转化实验、转化植株品种名称、所使用的DNA构建包括引导RNA序列和用于表征结果突变的引物,以及突变植株系的详细信息。

数据库链接:

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

08

RosBREED

RosBREED旨在开发和应用现代DNA测序和相关育种方法,开发新的栽培品种,重点关注八种作物:苹果、黑莓、桃子、梨子、玫瑰、草莓、甜樱桃和酸樱桃。

数据库链接:

https://www.rosbreed.org/

09

Cacao Genome Database

可可基因组序列的发布为研究 人员提供访问最新基因组的机会,使研究更加高效,并加速育种过程,从而加快推出优良可可栽培品种。

数据库链接:

https://www.cacaogenomedb.org/

10

Citrus Genome Database

柑橘基因组数据库(Citrus Genome Database,CGD),旨在促进柑橘的基础、翻译和应用性研究。该数据库包含柑橘的基因组学、遗传学和育种数据,以及与HLB相关的生物数据。

数据库链接:

https://www.citrusgenomedb.org/

11

Pulse Crop Database

Pulse Crop Database(PCD),豆类作物数据库,旨在成为基因组辅助育种(Genomics-Assisted Breeding,GAB)资源。GAB提供了识别感兴趣性状相关基因的工具,以及其他方法来优化植物育种效率,并提供相关的遗传和育种信息。

数据库链接:

https://www.pulsedb.org/

12

AraNet

通过整合异质组学数据,为拟南芥构建了一个基因组规模的功能基因网络,实现了数据驱动方法揭示植物中复杂的基因与表型关联关系。

数据库链接:

https://www.inetbio.org/aranet/

好啦,本次的分享就先到这里啦!

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