药用植物 Strobilanthes cusia 的高质量基因组提供了对吲哚生物碱生物合成的见解,Frontiers in Plant Science
药用植物 Strobilanthes cusia 的高质量基因组提供了对吲哚生物碱生物合成的见解
Frontiers in Plant Science ( IF 4.1 ) Pub Date : 2021-09-30 , DOI: 10.3389/fpls.2021.742420
Yongle Hu 1, 2, 3 , Dongna Ma 4 , Shuju Ning 5 , Qi Ye 1 , Xuanxuan Zhao 1 , Qiansu Ding 4 , Pingping Liang 4 , Guoqian Cai 1 , Xiaomao Ma 1 , Xia Qin 1 , Daozhi Wei 1
黄花菜(Nees) Kuntze是用于加工传统中草药“青黛”和“南板蓝根”的重要植物。关键活性成分是具有抗菌、抗病毒和抗肿瘤药理活性并作为天然染料的吲哚生物碱 (IAs)。我们组装了S. cusia通过结合 PacBio 循环共有测序 (CCS) 和 Hi-C 测序数据，在染色体水平上进行基因组分析。Hi-C 数据显示基因组草图大小为 913.74 Mb，其中 904.18 Mb 重叠群锚定在 16 个假染色体中。Contig N50 和支架 N50 分别为 35.59 和 68.44 Mb。在 32,974 个预测的蛋白质编码基因中，96.52% 在公共数据库中进行了功能注释。我们预测了 675.66 Mb 重复序列，47.08% 的序列是长末端重复 (LTR) 逆转录转座子。此外，983花球藻特异基因 (SSG) 首次被鉴定，占所有蛋白质编码基因的约 2.98%。此外，鉴定了 245 个推定的着丝粒和 29 个推定的端粒片段。转录组分析确定了 2,975 个差异表达基因 (DEG)，这些基因富含苯丙烷、类黄酮和三萜生物合成。与 IA 途径和碱性螺旋-环-螺旋 (bHLH) 转录因子家族相关的关键酶编码基因的这种系统表征形成了从莽草酸途径到吲哚生物碱合成途径的网络。S. cusia. 高品质S. cusia 本文提出的基因组是中药基因组学研究和了解 IA 生物合成的遗传基础的重要资源。
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更新日期：2021-09-30
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