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一种西瓜全基因组SNP

花匠小妙招
2025-11-05 15:35

本发明专利技术涉及一种西瓜全基因组SNP

【技术实现步骤摘要】
一种西瓜全基因组SNP
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Panel的开发、检测方法及育种应用

本专利技术属于西瓜分子育种领域
，特别是关于一种西瓜全基因组 SNP
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Panel开发、检测与育种应用。

技术介绍

用传统育种方法培育一个品种，通常时间长、工作量大、效率低。近年来，基因组测序技术的飞速发展极大地提高了分子标记开发效率，大量与基因紧密连锁标记或功能分子标记被开发，进而推动了分子标记辅助选择技术在育种中的广泛应用，从而极大地提升了育种效率和质量。分子标记辅助育种是利用分子标记与决定目标性状基因紧密连锁的特点，通过检测分子标记，即可检测到目的基因的存在，达到选择目标性状的目的，具有准确、所需时间短、效率高、不受环境条件干扰的优点。分子设计育种技术将实现对农艺性状的精确改良，显示出比其他育种手段更为突出的优越性，是今后作物育种技术发展的方向。西瓜全基因组SNP
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Panel是高效育种技术体系，能够实现西瓜分子设计育种的流程化、信息化，大幅度提高我国西瓜育种效率，缩短育种周期，促进农业发展；通过...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种西瓜全基因组SNP
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Panel的开发、检测方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)获取需检测的西瓜DNA样品，包括提取干种子、幼嫩茎段、叶片、幼穗老叶、发芽幼苗中的DNA；(2)基于西瓜基因组重测序信息开发覆盖西瓜整个基因组的SNP标记56245个SNP；(4)基于步骤(2)全基因组覆盖优化精选722个SNP；(5)设计722个SNP标记，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化；(6)针对每一个SNP标记设计一对相对应的特异扩增引物；(7)将722个SNP标记进行组合，构成一个基因Panel；(8)使用步骤(6)中的特异引物扩增目标SNP标记位点，然后添加测序接头，完成二代测序文库的构建；(9)质控与定量，包括采用实时荧光定量PCR和Agilent 2100；(10)在illumina测序仪上完成PE150测序获得序列数据；(11)通过自动化分析数据，获取所标记的各位点的基因型。2.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP
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Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(2)中SNP位点的物理位置是基于西瓜品种Citrullus lanatus subsp.vulgaris cv.97103的全基因组序列比对结果确定的。3.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP
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Panel的开发、检测方法，其特征在于：所述西瓜品种Citrullus lanatus subsp.vulgaris cv.97103的全基因组序列的版本号为Watermelon(97103)v2。4.根据权利要求1所述的西瓜全基因组SNP
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Panel的开发、检测方法，其特征在于：步骤(4)中722个SNP标记在染色体上的分布如下：Chr01染色体71个SNPs；Chr02染色体75个SNPs；Chr03染色体65个SNPs；Chr04染色体49个SNPs；Chr05染色体76个SNPs；Chr06染色体64个SN...

【专利技术属性】
技术研发人员：张毅，张倩，张娟，
申请(专利权)人：分子标记武汉生物育种有限公司，
类型：发明
国别省市：