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微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（二）

花匠小妙招
2025-12-11 17:06

干货再次来袭

专用于互作网络数据可视化的软件，你知道吗？

Cytoscape~

Cytoscape是一个专用于互作网络数据可视化的软件。在微生物研究领域，通过对不同样本间的物种丰度信息进行相关性分析，可以获得物种在环境样本中的共存在关系，得到物种在同一环境下的相互作用的情况，进一步解释样本间表型差异的形成机制。

Tips

上一次，我们介绍了Cytoscape软件下载和安装技巧（见微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一））。接下来是介绍数据准备和数据导入方法。首先来了解网络图的两个基本元素：节点和线。如下示意图，Bilophila菌和Paraprevotella菌是两个节点，中间的线表示两个节点的存在相关性。

一

数据准备

从上面的网络图可以看出，需要导入的数据文件应该包括互作数据、节点属性、线属性等内容。所以，Cytoscape网络图绘制数据，一般需要准备三个文件。

互作数据文件，表示节点之间存在相关性。可以用excel整理好后，一般以制表符分隔的txt保存或者是以逗号分隔的csv保存。文件格式如下：A列表示源节点，C列表示目标节点，B列表示两者相互作用关系。

节点文件，对图中的节点进行注释，如点的形状、大小、颜色。可以用excel整理好后，一般以制表符分隔的txt保存或者是以逗号分隔的csv保存。文件格式如下：A列表示节点名称，B-D列是节点的一些属性值，在A组富集，丰度为0.001145111等。默认首行当做表头。

线文件，对图中的线进行注释，如线的正负相关性、线上展示的内容等。可以用excel整理好后，一般以制表符分隔的txt保存或者是以逗号分隔的csv保存。文件格式如下：A列表示互作节点，B-E列是线的一些属性值，B列表示两节点相关性检验p值，C列表示相关性强弱，D列表示正相关或负相关等。默认首行当做表头。

二

数据导入

在准备好以上3个文件后，需要将文件导入到Cytoscape中。互作文件导入方法如下：

节点文件导入方法如下：

节点文件导入后，继续单击“OK”

线文件导入方法同节点文件，在单击“OK”前，需要修改 Import Data as 为 Edge Table Columns，方式如下：

全部文件导入完成后，就可以在展示区域看到默认style风格的网络图，如下：

我们之后的处理，都是在默认网络图的基础上来进一步调节参数，从而达到优化展示效果。

鉴于篇幅原因，

更多实用技巧，

请看下回分享。

供稿 | 叶生鑫