我们需要将两个部分结合起来,以PCA中BO数据集的主成分得分作为因变量,而社会人口学因素作为自变量进行Lasso回归。 步骤:
我们已经从PCA部分得到了一个合并的数据框merged_df,其中包含了所有数据集(包括BO)的主成分得分,并且有一个ID列。 社会人口学因素(即分类变量)应该存储在一个单独的数据框中,这个数据框应该也有一个ID列,以便与merged_df合并。 假设社会人口学因素的数据框叫做demo_df,它包含了所有样本的分类变量(已经转换为数值编码)和ID列。注意:我们之前已经为这些分类变量创建了标签映射,但在回归中,我们需要将它们转换为合适的数值或因子形式,并且可能需要创建虚拟变量(因为Lasso回归需要数值型输入)。具体步骤: a) 从merged_df中提取BO的主成分得分作为因变量。注意:在merged_df中,BO的主成分列名以BO_开头。 b) 将社会人口学因素数据框demo_df与merged_df通过ID列合并,这样每个样本都有其社会人口学特征和所有数据集的主成分得分(但我们只关心BO的主成分作为因变量)。 c) 在回归中,我们可能只使用BO的前k个主成分(根据累积方差阈值选择)作为因变量。但是,通常Lasso回归用于单变量因变量。因此,我们有多个因变量(多个主成分)?我们可以对每个主成分分别做Lasso回归,或者使用多变量Lasso(如glmnet中的多响应高斯模型)。
然而,问题要求以BO变量为因变量,但BO本身是一个多维数据集,我们通过PCA得到了它的主成分。我们可以选择两种方式: 方式1:使用第一主成分(通常解释方差最大)作为因变量。 方式2:使用所有提取的主成分(但需要做多个回归,或者使用多因变量回归)。
这里,为了简化,我们可以选择BO的第一主成分(PC1)作为因变量。
d) 自变量:社会人口学因素。这些分类变量需要转换为数值格式。由于我们之前已经定义了映射,但实际上在回归中,分类变量需要转换为哑变量(dummy variables)。我们可以使用model.matrix来创建设计矩阵。
注意:在Lasso回归中,自变量通常需要是数值矩阵,并且标准化处理(使每个变量均值为0,方差为1)是有益的。
e) 构建回归模型: - 因变量:BO_PC1(即merged_df中的BO_PC1列) - 自变量:社会人口学特征(转换为哑变量后的矩阵)
f) 使用glmnet包进行Lasso回归。glmnet要求自变量是矩阵形式,因变量是向量(对于单变量回归)或多列矩阵(对于多变量回归)。
g) 交叉验证选择lambda。
因此,我们需要做以下准备:
确保有一个包含社会人口学特征的数据框,并且有一个ID列。 合并merged_df和社会人口学数据框(通过ID)。 从合并后的数据中提取因变量(BO_PC1)和自变量(社会人口学特征)。 将自变量转换为模型矩阵(包括所有分类变量的哑变量)。 运行glmnet(注意自变量需要是矩阵,因变量是向量)。假设社会人口学特征数据框为demo_data,它包含以下列: ID, gender, age, ... (这些列目前是数值编码,但我们需要转换为因子然后再转换为哑变量)
注意:在转换哑变量时,我们通常要避免多重共线性,所以会设置drop=TRUE(即每个因子变量去掉一个水平作为参照)。
步骤示例:
第一步:创建社会人口学特征数据框(假设已经存在,叫做demo_data),并且确保ID列与merged_df中的ID列一致(比如都是字符型或数值型)。
第二步:合并
combined_data <- merge(merged_df, demo_data, by="ID", all.x=TRUE)
相关知识
# 增强的数据标准化与PCA分析流程 set.seed(123) # 添加随机种子保证可复现性 # 1. 并行处理多个数据集 (避免重复代码) datasets
【数据挖掘】数据预处理——以鸢尾花数据集为例
使用PCA对Iris数据集进行降维和二维分类显示
python鸢尾花数据集的分析与处理
用鸢尾花数据集为例展示数据分析的一般流程
PCA主成分分析实例及3D可视化(鸢尾花数据集)
python实战(一)——iris鸢尾花数据集分类
聚类分析:使用R语言对Iris数据集进行K均值聚类
机器学习之路:经典的鸢尾花数据集
鸢尾花数据集分析
网址: # 增强的数据标准化与PCA分析流程 set.seed(123) # 添加随机种子保证可复现性 # 1. 并行处理多个数据集 (避免重复代码) datasets https://m.huajiangbk.com/newsview2508889.html
| 上一篇: 公司的数据分析支撑工作,到底外包 |
下一篇: FLOWERPLUS花加分析鲜花 |