董扬教授团队与上海交大团队揭示了细花樱桃高抗病性潜在的遗传背景
本站消息 2023年4月，Horticulture Research上线了（Advance Access）上海交通大学张才喜教授团队和云南农业大学董扬教授团队合作的题为“Chromosome-scale genome assembly ofPrunus pusillifloraprovides novel insights into genome evolution, disease resistance, and dormancy release inCerasusL.”的研究论文。研究团队选取了滇西边境山区一株120余年的野生细花樱桃，利用ONT，HIC和Illumina测序数据，完成了染色体水平的基因组组装，并对其进行了后续注释、分析，基于基因家族分析结合病理试验揭示了细花樱桃高抗病性潜在的遗传背景。
该研究获得了细花樱桃染色体级别参考基因组，大小为309.62 Mb，注释得到33,035个蛋白质编码基因，49.08%的基因组序列被注释为重复序列。通过比较基因组分析发现，细花樱桃与山樱花（Prunus serrulata）和日本晚樱（Prunus yedoensis）具有较近的亲缘关系，并于约41.8个百万年前发生物种分化。相比于抗病性低的甜樱桃，细花樱桃拥有更多的NBS-type resistance gene analogs (RGAs)基因。研究发现，与甜樱桃相比，细花樱桃对炭疽菌、辣椒疫霉菌和丁香假单胞菌拥有更强的抗性，这可能和细花樱桃拥有更多的NBS-type抗病基因密切相关。
细花樱桃Prunus pusilliflora(Card.) Yü et Li是蔷薇科李属樱亚属的木本植物，广泛分布于我国西南地区。该物种具有优良的园艺特性，如生长旺盛、根系健壮、可塑性和抗逆性强。对甜樱桃品种的亲和力强，可被用作甜樱桃的砧木。同时，细花樱桃也具有重要的观赏价值。然而，对细花樱桃的基因组信息缺乏了解，严重限制了我国西南地区起源的樱属植物遗传背景和重要农艺性状分子机制的挖掘。
文章链接：https://academic.oup.com/hr/advance-article/doi/10.1093/hr/uhad062/7111778
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