首页 > 分享 > 琼花不孕花和可孕花转录组分析及发育过程形态结构观察

琼花不孕花和可孕花转录组分析及发育过程形态结构观察

摘要

琼花花型奇特,通常由外围八朵不孕花和中间大量可孕花组成,不孕花形态比可孕花大近百倍,然而形成这两种显著差异花型的发育调控机制却不清楚。我们利用新一代高通量测序平台结合生物信息学的方法,从mRNA转录水平上对琼花不孕花、可孕花进行转录组学比较分析,获得了这两种花器官发育高度差异表达的基因。同时利用细胞生物学、解剖结构方法研究了这两种花型发育过程中的形态结构变化。主要结果如下:
  (1)从外部形态、器官组织解剖和细胞超微结构三方面,比较了不孕花和和可孕花发育过程中形态结构变化特征,找到了两种花型在组织学和细胞学水平的差异。
  (2)分别成功提取琼花不孕花和可孕花total RNA,用Illumina High-seqTM2500测序平台对琼花进行转录组测序,共获得了278,909,605个raw reads,去除低质量序列、接头序列、含N比例大于5%的序列,获得了267,723,356个clean reads,测序质量高。Trinity拼接最终获得132,788个平均长度为740bp的转录本,每条基因中最长的转录本作为unigene,共获得105,683个unigene。
  (3)将unigenes与NR、NT、KEGG、SwissProt、PFAM、GO和KOG七大数据库进行序列相似性比对,确定unigenes功能注释信息。共有38,224个(36.16%) unigene被注释到NR数据库中已知蛋白中,20,724个被注释到NT数据库,12,201个被注释到KEGG数据库,26,744个被注释到SwissProt数据库,26,629、30,381和12,637个分别被注释到PFAM、GO和KOG数据库。其中,注释到所有数据库的共有5,706个unigene,占总数的5.39%;至少注释到一个数据库的有43,870个,占总数的41.51%。
  (4)琼花转录组数据筛选共得到5,765个差异表达基因(阈值padj<0.05),其中不孕花相对于可孕花基因表达有1,908个上调、3,767个下调。
  (5)将琼花不孕花、可孕花差异表达基因进行筛选,筛选出与花器官发育相关的基因。其中,与花器官大小相关的基因主要集中在细胞增殖和扩张、激素调节方面。与植物育性相关的基因主要为不孕花雌雄蕊败育,包括绒毡层雄性不育、细胞程序性死亡、花粉和花药发育、胚囊与雌配子体发育相关基因。将筛选得到的花器官发育相关基因进行实时荧光定量验证,确定相关基因在不同时期的表达情况。
  (6)分析转录因子,共有2,072个转录因子分类到79个转录因子家族,其中MYB转录因子家族最多,其次是AP2-EREBP、C2H2和bHLH家族。在琼花不孕花和可孕花之间,共有377差异表达基因被分到54个转录因子家族,重点分析了与花器官发育有关的MADS转录因子家族。展开▼

相关知识

一份水稻花器官突变体的形态发生、性状遗传分析及相关基因的分子标记定位
实验八 花、果、种子的形态及结构
初中生物教材解读人教七年级上册 生物圈中的绿色植物观察花的结构教案.docx
拟南芥转录因子LFY2和MYB2在花药发育调控网络中的作用研究
(最新)植物花形态结构及解剖研究(精)
木通科基部类群花和叶的形态发育及系统发育研究
花的形态及发育
实验一花的外部形态和内部结构观察.pptx
花的形态和内部结构
几种经济植物可变剪接预测及分析

网址: 琼花不孕花和可孕花转录组分析及发育过程形态结构观察 https://m.huajiangbk.com/newsview40838.html

所属分类:花卉
上一篇: 花背蟾蜍视网膜形态发育及视网膜生
下一篇: 植物科普小讲堂