生物多样性快速监测有了新方法
科技日报昆明5月26日电（记者 赵汉斌）高通量条形码技术在环境保护和管理相关决策研究中的适用性已得到广泛认知。近期，中国科学院昆明动物研究所研究人员在国际期刊《生态学与进化方法》上发表了第一篇描述“生物多样性汤”这一高通量条形码技术流程的论文，意味着他们在生物多样性快速监测方法研究中取得新进展。
“生物多样性汤”高通量条形码技术流程示意图 （图片来源：昆动动物研究所）
以往，如果研究者要在更广的领域应用高通量条形码技术，还需要进一步减少聚合酶链式反应、文库构建以及测序带来的错误和偏好。昆明动物研究所生态学与环境保护中心课题组近日在前期研究的基础上，进一步改进了高通量条形码技术流程，提高了运算速度，并能减少结果中的假阴性以及标签错配、嵌合体、错误序列等假阳性。
新流程改进了高通量条形码的实验设计和生物信息学分析，使用双胞胎标记法双向标记引物，他们把每个样本都做了多次独立的聚合酶链式反应，且通过荧光定量聚合酶链式反应来优化最终使用的退火温度和循环数。在生物信息学分析中，进行样本拆分时可以忽略为测序中平衡碱基而添加在标签上的几个碱基，并允许引物序列的错配，还提高了运算速率。
这个方法可去除由于标签跳动所产生的假阳性序列，以及通过设置多个聚合酶链式反应重复和某一序列的重复出现次数来过滤聚合酶链式反应和测序等产生的错误序列。为了让更多人能学习、验证并设计适合自己的高通量条形码流程，课题组还提供了研究中用于构建生物多样性汤所有物种的序列、Illumina测序数据、完整的分析命令脚本，以及用于引物标签设计的表格和指南。
（赵汉斌）
【责任编辑：张瑨瑄】
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