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基于KASP技术开发的杜鹃花核心SNP分子标记集、引物集及应用制造技术

花匠小妙招
2024-11-10 08:42

本申请公开了基于KASP技术开发的杜鹃花核心SNP分子标记集、引物集及应用，属于分子生物学及植物分子育种技术领域；该杜鹃花核心分子标记集包含31个SNP标记，其对应的KASP扩增引物组核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.93所示；本申请基于KASP技术开发的杜鹃花核心分子标记集，能够快速、准确、有效地鉴定评价杜鹃花的资源或者品种，检测它们的纯度，可以解决因大量种质积累而带来的资源冗余、保存管理不便以及知识产权纠纷等问题，同时可用于杜鹃花SNP指纹图库构建、杜鹃花遗传多样性分析及杜鹃花分子标记辅助育种中。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学及植物分子育种，具体涉及基于kasp技术开发的杜鹃花核心snp分子标记集、引物集及其应用。

技术介绍

1、杜鹃花是世界著名的观赏花卉，也是我国十大传统名花之一。随着我国杜鹃花种质资源整理保护工作的不断推进，以及杜鹃花育成品种数量的逐年增多，出现一系列的问题，包括如何判断相似品种、如何认定假冒品种等。现阶段对杜鹃品种资源亲缘关系的梳理、品种群的分类以及杜鹃新品种的选育与鉴定主要依靠观察形态学特征和农艺性状，其工作周期长，易受栽培措施、环境条件以及人为因素的影响，成为高效利用种质资源和进行品种鉴定的瓶颈之一。

2、近年来，分子生物学的发展使品种鉴定进入到基因水平，与传统的形态学方法和蛋白质电泳技术相比，dna标记技术能揭示更多的多态性，具有准确可靠、简单快速、易于自动化的优点，是品种鉴定技术的发展趋势。国际植物新品种保护联盟(upov)于2010年发布了dna分子标记选择和数据库构建指南(简称bmt指南)，并指出ssr和snp标记是特别适用于品种鉴定的方法。ssr标记具有多态性高、呈共显性等优点，在品种鉴定工作中得到比较成熟且广泛的应用。但在实践过程中，也暴露出其检测位点较少、结果代表性较差、不宜实现数据共享等难以克服的缺陷。虽然ssr标记已在杜鹃品种资源分类中得到应用，具有多态性高、操作简单等优点，但其无法满足大规模、高通量、自动化的检测需求。

3、snp标记作为第三代分子标记，与ssr标记相比具有以下优势：一是在基因组中密度更高、分布更均匀；二是鉴定简单，可用于快速、高通量的基因分

4、和杜鹃花特性相关联的snp位点多达几十万到上百万个，目前尚未见到基于kasp技术的一组snp分子标记集来对杜鹃花种质或品种进行鉴定。

技术实现思路

1、为了克服上述现有技术的不足，本专利技术提出了基于kasp技术开发的杜鹃花核心snp分子标记集，基于上述snp分子标记集可以实现对杜鹃花种质和品种的快速、高通量的鉴定评价。

2、为了实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：

3、首先，本申请提供了基于kasp技术开发的杜鹃花核心snp分子标记集，所述杜鹃花核心snp分子标记集包括31个snp标记，所述31个snp标记的编号为snp1～31(snp1、snp2、snp3、snp4、snp5、snp6、snp7、snp8、snp9、snp10、snp11、snp12、snp13、snp14、snp15、snp16、snp17、snp18、snp19、snp20、snp21、snp22、snp23、snp24、snp25、snp26、snp27、snp28、snp29、snp30、snp31)；

4、所述snp1标记为碱基c/a，位于映山红亚属杜鹃花1号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第43229715位；

5、所述snp2标记为碱基g/t，位于映山红亚属杜鹃花1号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第46014657位；

6、所述snp3标记为碱基c/a，位于映山红亚属杜鹃花2号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第12166301位；

7、所述snp4标记为碱基a/t，位于映山红亚属杜鹃花2号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第33907816位；

8、所述snp5标记为碱基g/a，位于映山红亚属杜鹃花2号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第34113381位；

9、所述snp6标记为碱基a/g，位于映山红亚属杜鹃花2号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第39213730位；

10、所述snp7标记为碱基c/a，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第11204455位；

11、所述snp8标记为碱基c/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第12590717位；

12、所述snp9标记为碱基c/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第14864773位；

13、所述snp10标记为碱基t/a，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第15859937位；

14、所述snp11标记为碱基c/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第20040775位；

15、所述snp12标记为碱基t/c，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第20624365位；

16、所述snp13标记为碱基a/g，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第20637059位；

17、所述snp14标记为碱基a/g，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第23321340位；

18、所述snp15标记为碱基c/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第23398629位；

19、所述snp16标记为碱基t/c，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第23933405位；

20、所述snp17标记为碱基g/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第36725782位；

21、所述snp18标记为碱基c/t，位于映山红亚属杜鹃花3号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第61370位；

22、所述snp19标记为碱基c/g，位于映山红亚属杜鹃花4号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第34996743位；

23、所述snp20标记为碱基t/g，位于映山红亚属杜鹃花5号染色体上，位置为映山红亚属杜鹃花全基因组序列的第22571961位；

24、所述snp21标记本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.基于KASP技术开发的杜鹃花核心SNP分子标记集，其特征在于，该杜鹃花核心SNP分子标记集由如下编号为SNP1-SNP31所示的SNP标记组成；

2.用于检测如权利要求1所述杜鹃花核心SNP分子标记集的引物集，其特征在于，所述引物集包含31个KASP引物组，每个KASP引物组用于检测对应的SNP标记，每个KASP引物组由两条末端碱基不同的等位基因正向引物F1和正向引物F2以及一条反向引物R构成。

3.根据权利要求2所述的KASP引物集，其特征在于，所述正向引物F1的5’端添加FAM荧光标签；所述正向引物F2的5’端添加HEX荧光标签。

4.根据权利要求2所述的KASP引物集，其特征在于，所述SNP1标记对应的KASP引物组如SEQ ID NO.1～3的核苷酸序列所示，所述SNP2标记对应的KASP引物组如SEQ ID NO.4～6的核苷酸序列所示，所述SNP3标记对应的KASP引物组如SEQ ID NO.7～9的核苷酸序列所示，所述SNP4标记对应的KASP引物组如SEQ ID NO.10～12的核苷酸序列所示，所述SNP5标记对应的KAS

5.一种芯片或检测试剂盒，含有如权利要求2-4任一所述的引物集。

6.如权利要求2-4任一所述的引物集在以下任一项中的应用：

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，具体步骤如下：

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为6μL，包括3ng/μL的DNA模板 2.75μL，对应的KASP引物组0.25μL，2×KASP Master mix 3μL；所述对应的KASP引物组包括对应的正向引物F1 0.05μL，对应的正向引物F2 0.05μL，对应的反向引物R0.15μL；所述正向引物F1、正向引物F2、反向引物R的浓度均为10μM；

9.如权利要求5所述的芯片或检测试剂...

【技术特征摘要】

1.基于kasp技术开发的杜鹃花核心snp分子标记集，其特征在于，该杜鹃花核心snp分子标记集由如下编号为snp1-snp31所示的snp标记组成；

2.用于检测如权利要求1所述杜鹃花核心snp分子标记集的引物集，其特征在于，所述引物集包含31个kasp引物组，每个kasp引物组用于检测对应的snp标记，每个kasp引物组由两条末端碱基不同的等位基因正向引物f1和正向引物f2以及一条反向引物r构成。

3.根据权利要求2所述的kasp引物集，其特征在于，所述正向引物f1的5’端添加fam荧光标签；所述正向引物f2的5’端添加hex荧光标签。

4.根据权利要求2所述的kasp引物集，其特征在于，所述snp1标记对应的kasp引物组如seq id no.1～3的核苷酸序列所示，所述snp2标记对应的kasp引物组如seq id no.4～6的核苷酸序列所示，所述snp3标记对应的kasp引物组如seq id no.7～9的核苷酸序列所示，所述snp4标记对应的kasp引物组如seq id no.10～12的核苷酸序列所示，所述snp5标记对应的kasp引物组如seq id no.13～15的核苷酸序列所示，所述snp6标记对应的kasp引物组如seq id no.16～18的核苷酸序列所示，所述snp7标记对应的kasp引物组如seq id no.19～21的核苷酸序列所示，所述snp8标记对应的kasp引物组如seq id no.22～24的核苷酸序列所示，所述snp9标记对应的kasp引物组如seq id no.25～27的核苷酸序列所示，所述snp10标记对应的kasp引物组如seq id no.28～30的核苷酸序列所示，所述snp11标记对应的kasp引物组如seq id no.31～33的核苷酸序列所示，所述snp12标记对应的kasp引物组如seq id no.34～36的核苷酸序列所示，所述snp13标记对应的kasp引物组如seq idno.37～39的核苷酸序列所示，所述snp14标记对应的kasp引物组如seq id no.40～42的核苷酸序列所示，所述snp15标记对应的kasp引物组如seq id no.43～45的核苷酸序列所示，所述snp16标记对应的kasp引物组如seq id no.46～48的核苷酸序列所示，...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙晓波，郭臻昊，李畅，刘晓青，周惠民，邓衍明，齐香玉，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：