草履虫种的种群基因组学。,Molecular Biology and Evolution
种群基因组分析对于理解影响基因组变异和特定谱系序列约束的因素至关重要。缺乏对单细胞真核生物的此类分析，促使我们评估草履虫的基因组变异，草履虫是研究最深入的纤毛虫属之一。金黄色草履虫复合体由〜15种形态上无法区分的物种组成，它们在进行了两轮全基因组重复（WGD，长达320 MYA）之后发散，并具有极为精简的基因组。我们通过对属于金黄色葡萄球菌复合体的三种物种中的每一个的10-13个全球分离株的全基因组进行测序来检查核和线粒体多态性的模式，这三类物种分别为：体育四叶草，体育双叶草，体育六叶草以及两个外群不共享WGD的物种：尾状假单胞菌和多微核假单胞菌。全球地理种群结构的明显缺乏表明草履虫在长距离上的连续或近期扩散。相对于编码序列，基因间区域受到高度限制，尤其是在基因间隔距离较短的尾尾假单胞菌和多微核假单胞菌中。在基因的上游和下游，序列的多样性和趋异性降低至约100-150 bp，这表明存在紧密堆积的调控模块而产生的强力约束。另外，比较在非同义和同义位点处的序列变异表明，对深度不同物种内的直系同源物和直系同源物的近期选择性压力相似。
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