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蛋白质组学中的生物信息学【病理生理学教研室】.ppt

花匠小妙招
2024-11-20 17:09

蛋白质组信息学;Functional analysis;精品资料; 你怎么称呼老师？如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你是否会认为老师的教学方法需要改进？你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？教师的教鞭 “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我笨，没有学问无颜见爹娘 ……” “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”;“组学（Omics）”; 生物信息学（bioinformatics）是随着人类基因组计划而发展起来的，是一门新兴的交叉学科。它包含了生物信息的获取、处理、存储、发布、分析和解释等在内的所有方面。它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。;;解析通过蛋白质电泳与质谱获得的海量的蛋白质组学数据；构建来源广泛的、包含不同种属来源的生物体、组织以及疾病状态的蛋白质组数据库；预测特定蛋白质的理化特性、潜在的蛋白质翻译后修饰以及可能的3D结构；分析通过蛋白质组学所获结果的生物学意义，及其与特定细胞信号通路或疾病的关系。;1）蛋白质序列与结构信息学：通过对生物体内蛋白质组大规模的分离与鉴定，获得蛋白质的序列信息，利用蛋白质组信息学数据库，通过序列比对，可以获得相应的结构信息，进而推测其功能或者鉴定其是否为蛋白质家族的新成员。;2）蛋白质相互作用信息学：在细胞中，蛋白质与蛋白质成员间的相互作用以及蛋白质与DNA，蛋白质与RNA及蛋白质与小分子化合物甚至蛋白质与金属离子间的相互作用，是信息传递、代谢发生等正常生物活动所不可或缺的；研究内容包括：蛋白质相互作用网络的研究、蛋白质相互作用方法学的研究、蛋白质相互作用模拟的研究等。;3）功能蛋白质组信息学：根据功能不同可以对蛋白质进行分类，如受体蛋白质、酶蛋白、信号传导通路蛋白、结构蛋白以及其他调控蛋白等；序列同源性高的蛋白质之间可能具有相似的功能；有些蛋白之间的序列信息相关较大，但从结构域水平上它们又具有同源性，也可能具有相似的功能。;4）蛋白质组遗传信息学：通过对蛋白质组学的研究，同一类蛋白质组的遗传信息特征及其与??白质组表达的关系，是揭示生命现象和生命规律的重要内容；蛋白质组遗传信息学在分子进化和分子遗传学中也具有重要的作用。; 从1994年起，每年第一期Nucleic Acids Research是分子生物学数据库专刊，由专人综述当前的在线分子生物学数据资源。;1、UniProt 网址：/ 2、Protein Information Resource (PIR) 网址： 3、NCBI 网址：;1、UniProt （Universal Protein Resource）数据库;UniParc is a comprehensive and non-redundant database that contains most of the publicly available protein?sequences?in the world. Proteins may exist in different source databases and in multiple copies in the same database. UniParc avoids such redundancy by storing each unique sequence only once and giving it a stable and unique identifier (UPI). UniParc contains only protein?sequences. ;2、PIR （Protein information resource）数据库;3、 NCBI数据库;PROSITE: ； Pfam: / Blocks: /blocks/ CDD: /cdd/ InterPro: http://www.ebi.ac.uk/interpro/;1、PROSITE (/);（二）蛋白质模式模体数据库;2、Pfam (/) ; PDB是美国Brookhaven实验室于1971年创建的大分子结构数据库，用X射线晶体学和核磁共振法（NMR）得到的结构数据，其中含有通过X射线晶体衍射、核磁共振等实验手段测定的生物大分子的三维结构，主要是蛋白质的三维结构，也包括了核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。目前由RCSB（Research Collaboratory for Structural Bioinfomratics）负责数据库的维护，PDB数据库已含有约123021多种结构（2016年9月29日），其中90%是蛋白质的结构。;PDB 中每条记录有显式序列（