杜鹃花基因组和染色体组织提供了对石南科（杜鹃花科）共享的全基因组重复的深入了解。,Genome Biology and Evolution
杜鹃花基因组和染色体组织提供了对石南科（杜鹃花科）共享的全基因组重复的深入了解。
Genome Biology and Evolution ( IF 3.2 ) Pub Date : 2019-12-01 , DOI: 10.1093/gbe/evz245
Valerie L Soza 1 , Dale Lindsley 1, 2 , Adam Waalkes 1, 3 , Elizabeth Ramage 1 , Rupali P Patwardhan 4 , Joshua N Burton 4, 5 , Andrew Adey 4, 6 , Akash Kumar 4, 7 , Ruolan Qiu 2, 4 , Jay Shendure 4, 8, 9 , Benjamin Hall 1
杜鹃花属（杜鹃花科）包括杜鹃花等重要的园艺植物，是一个高度多样化且分布广泛的属，拥有 >1,000 种植物。在这里，我们报告了威廉杜鹃的染色体规模从头组装和基因组注释，作为继续研究这个大属的基础。我们创建了多个短片段基因组文库，并使用 ALLPATHS-LG 进行组装。接下来是连续性保留转座酶测序 (CPT-seq) 和大片段文库的 fragScaff 支架，通过减少支架数量和增加支架长度来改进组装。使用染色质构象捕获 (Hi-C) 数据通过邻近引导组装 (LACHESIS) 进行染色体规模支架。通过对遗传杂交的亲本和后代进行限制性位点相关 DNA (RAD) 测序，进一步细化染色体规模支架并定义连锁群。所得连锁图证实了支架在染色体上的 LACHESIS 聚类和排序，并纠正了大规模倒置。对 R. williamsianum 基因组组装和基因注释的评估估计它们分别完成了 89% 和 79%。来自基因组注释的预测编码序列用于同线性分析，并用于生成并生基因对之间同义替换/位点的年龄分布，从而识别 R. williamsianum 中的全基因组重复 (WGD)。然后，我们分析了其他公开可用的杜鹃花科基因组，以获取共享的 WGD。 基于我们对旁系同源基因对的空间和时间分析，我们在杜鹃花和越橘属（蔓越莓/蓝莓）成员中找到了两个共享的古老全基因组的证据，它们早于杜鹃花科，在一种情况下，早于杜鹃花目。
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更新日期：2019-11-01
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