基于454FLX高通量技术的菊花叶绿体全基因组测序研究
《中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会论文集》 2012年
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胡志刚 李西文 高欢欢 林小涵 李卿 吴和珍 开通知网号
【摘要】：叶绿体基因组在植物物种鉴定、DNA条形码筛选、系统进化分析以及叶绿体基因工程等领域应用前景广阔。本文应用454FLX高通量测序技术对菊花进行了叶绿体全基因组测序,并解析了其基因组结构。生物信息学分析表明,参与菊花序列拼接的有效contig数为10个,测序覆盖度达到99.99%,平均覆盖倍数为58倍。菊花叶绿体基因组全长为151033bp,两个反向互补重复区(IRs)长度为24953bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为82782bp和18345bp,总GC含量为37.48%。成功注释叶绿体基因129个,其中蛋白编码基因85个,tRNA36个,rRNA8个。分布在IR区的基因有17个。菊花叶绿体基因组序列的获得和结构解析,为菊花良种培育、菊属植物DNA条形码筛选、菊花药材道地性研究以及叶绿体基因工程等奠定了基础。
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