免疫组库高通量测序技术检测ALLMRD的研究进展.doc 免费在线阅读
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免疫组库高通量测序技术检测ALL-MRD的研究进展 1遵义医学院深圳市儿童医院深圳518038； 2深圳华大基因研究院深圳 518083 急性淋巴细胞白血病(ALL)占儿童恶性肿瘤性疾病的首位， 尽管儿童ALL治疗己取得很大进展，但复发仍是我们面临的难题。白血病的微小 残留病(MRD)状态是复发的根源。研究表明，对患者进行定期MRD检测具有 重要的临床指导意义。目前临床上通过实时定量PCR、流式细胞术和原位荧光杂 交等技术检测白血病微小残留病(MRD),但是这些技术都有各自的局限，导致 一定程度的漏检或假阳性。免疫组库高通量测序技术(IR-SEQ)的高灵敏度和高 特异性，能够更加全面地检测MRD。木文将对IR-SEQ技术在检测ALL-MRD中的 研究进展进行综述。 关键词 急性淋巴细胞白血病；微小残留病；免疫组库；高通量测序 急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia, ALL)在儿童所有 恶性肿瘤性疾病中占据首位，且有逐年增加的趋势，我国每年约有1.5-2万名新 发儿童白血病，其中急性淋巴细胞白血病占80%左右，是小儿时期最常见的白血 病类型，发病高峰年龄为3?4岁，是严重威胁小儿生命和健康的疾病之一。 随着诊疗技术水平的增高，人们对儿童白血病经过形态学、免疫学、遗 传学及分子生物学检测综合分析(MICM分型)的方法对急性白血病进行了精确 的诊断和分型、分层治疗使得儿童ALL的诊疗水平方面得到了质的飞跃，但仍有 20%?30%患儿在缓解后复发[1-3],这与体内仍存在形态学无法检测的残留白血 病细胞，即微小残留白血病(minimal residual disease，MRD)有关。因此，在治 疗过程中对白血病患者进行定期MRD检测，異有重要的临床指导意义。目前用 于临床评仍MRD的技术也拈流式细胞术(flow cytometry, FCM)、实时定量PCR (real-time quantification polymerase chain reaction, RQ-PCR)和原位焚光杂交等 技术［4 ，但是这些技术都有各自的局限，导致一定程度的漏检或假阳性，也都 无法监测治疗过程中病人整体的免疫系统重建情况。免疫组库测序技术(immune repertoires sequencing, IR-SEQ)的高灵敏度和高特异性，能够更加全面地检测 MRD,在一定程度上弥补传统方法的不足。 1免疫组库高通量测序技术的介绍 1.1高通量测序 高通量测序技术(high-throughput sequencing，HTS)，第二代测序技术， 又被称为“下一代测序”(next generation sequencing, NGS) ［5］。二代测序技术 具有很高的通量，能够同吋并行检测几十万到几百万的DNA分子［6, 7］，能够用 来对进行基因组水平的转录组或者基因组的分析。二代测序一般采用连接酶或者 聚合酶，一般是同步化三憐酸核苷酸的洗脱和同步化的荧光检测方法相结合，采 用“边合成边测序”的方法，输出短的连续性的DNA片段序列。根据测序原理 和技术的不同，主要的技术平台包括以下几种:Roche/454 FLX、lllumina Hiseq 系列和ABI SOLID系列。其中，应用做广泛的，仍然是Hiseq系列。 lllumina Hiseq测序技术其前身是solexa测序技术，依靠其专利核心技术“DNA 簇”和“可逆性末端终结”技术，能够实现样本制备的自动化和高通量的碱基大 规模平行测序。主要的步骤是：1)将待测的DNA制备成一定大小的DNA片段 的文库，在片段的两端加上接头；2)将模板DNA加到芯片上，进行桥式扩增, 形成DNA簇；3)进行边合成边测序。边合成边测序的核心的原理是，在合成新 的DNA互补链吋，加入改造后的DNA聚合酶和带有荧光标记的4种dNTP，这 些dNTP是“可逆性终止子”，其3rsqU0;端带冇化学修饰的部分，未切除掉该 修饰吋，不能连接下一个碱基，能够保证每轮反应只连接一个核苷酸。在掺入单 个碱基后，用激光扫描整个芯片，读取每条模板序列所聚合上的核苷酸种类，之 后切除掉末端修饰，摻入下一个碱基，这样，统计每个循环的碱基种类，就得到 了所测DNA片段的信息。 0前，Hiseq测序技术的序列读长己经可以达到2times;250bp：其读长 受到多种影响荧光信号的因素影响，例如荧光标记的不完全的切除。总的来说, Illumina Hiseq系列具右通量较高、准确率较高、成本较低、所需要样本量少、简 单快速等优点，是0前最常用的测序平台。 1.2免疫组库技术 免疫组库(immune repertoire, IR)是指，在一个特定吋间点，某个样 本的免疫系统中所有有功能的的T细胞
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