首页 > 分享 > 南方红豆杉4个微卫星位点等位基因变异分析

南方红豆杉4个微卫星位点等位基因变异分析

花匠小妙招
2025-03-25 22:07

园艺学报，2016，43 (2)：373–383.

Acta Horticulturae Sinica

doi：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0418；http：//www. ahs. ac. cn 373

南方红豆杉4个微卫星位点等位基因变异分析谢伟东1,2，文亚峰3,*，韩文军1，周宏4，徐刚标1，陈建华1

（1中南林业科技大学林学院，长沙 410004；2广西大学林学院，南宁 530004；3中南林业科技大学风景园林学院，长沙 410004；4广东省韶关市林业局，广东韶关 512000）

摘要：以南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）的4个微卫星位点为例，通过等位基因长度和序列变异分析，对各位点等位基因的变异特点、变异来源和进化关系进行研究。结果表明：这4个位点在

南方红豆杉种内表现出丰富而复杂的变异特点，既有SSR重复区突变形成的等位基因，也有因侧翼序列

插入/缺失（Indel）形成的等位基因，还存在同一长度形态的同形异源等位基因（allelic homoplasy），同时，在1个mtSSR位点中检测到了线粒体基因的异质性（heteroplasmy）。SSR重复序列和侧翼序列突变的共

同作用是引起等位基因长度异常的主要原因。等位基因分布及其进化关系研究表明，4个位点的序列突变

更符合逐步突变模型（SMM），常见等位基因在进化上具有原始性。

关键词：南方红豆杉；微卫星标记；等位基因；序列变异；基因突变

中图分类号：S 68 文献标志码：A 文章编号：0513-353X（2016）02-0373-11 Variation Analysis of Four Microsatellite Loci Within Maire Yew Species

XIE Wei-dong1,2，WEN Ya-feng3,*，HAN Wen-jun1，ZHOU Hong4，XU Gang-biao1，and CHEN Jian-hua1（1College of Forestry，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China；2College of Forestry，Guangxi University，Nanning 530004，China；3College of Landscape Architecture，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China；4Forestry Bureau of Shaoguan，Guangdong Province，Shaoguan，Guangdong 512000，China）

Abstract：This paper focused on the variation and phylogeny relationship of four microsatellite loci originated from maire yew（Taxus chinensis var. mairei）. Comparison of allelic size and sequences indicated that abundant variation and complex SSR structure existed in four SSR loci. Inter-allelic size variation in SSR loci was due to the mutation of SSR repeats and insertions or deletions（Indels）in flanking regions，which also the main reason caused the allelic size mismatch with sequences data. Two sets allelic homoplasy were observed in TY05 locus where alleles identical in state are not identical by descent. Mitochondrial DNA heteroplasmy was detected in one mitochondrial SSR locus（TB01）. Allelic distribution and their phylogeny relationship suggested that stepwise mutation model（SMM）appropriated for these loci，common allele have the characteristic of aboriginality on evolution phylogeny.

Key words：Taxus chinensis var. mairei；microsatellite marker；allele；sequence variation；gene mutation

收稿日期：2015–10–23；修回日期：2016–01–11

基金项目：国家自然科学基金项目（36470666）；日本JSPS博士后研究员资助课题（11F00787）；林业公益性行业专项项目（201104033）* 通信作者Author for correspondence（E-mail：wenyafeng7107@http://doc.wendoc.com）

致谢：部分试验在日本森林综合研究所森林遗传领域分子实验室完成，感谢Tsumura教授、Ueno博士和Uchiyama博士的指导和帮助。