种子是农业的“芯片”，种源安全关系国家安全，种源要做到自主可控，种业科技就要自立自强。“十四五”以来，我校把推动种业科技创新作为服务国家重大战略需要的实际行动，组建海峡种业创新研究院，自主选育新品种数量达127个，主持种业科技项目116项、获资助经费17135.7万元，在全面推进种业振兴行动中彰显农林高校担当，努力为福建省特色现代农业发展筑牢种业根基。
推进重大科技创新平台建设
2021年1月28日，我校研究成立种业创新研究院，立足我省生物多样性资源丰富特色，全面加强我校种业创新工作，加快培育具有自主知识产权的种业科研成果，推进校级种业创新（旗山）基地建设，建成菌草种质资源圃和现代种业创新与展示园，集中展示我校种业创新成果。
2022年3月14日，我校与大北农集团股份有限公司签订战略合作协议，由大北农集团董事局主席邵根伙博士个人捐赠1亿元用于共建海峡种业创新研究院（以下简称“研究院”）。研究院聘任杂交稻育种专家、中科院院士谢华安为首席科学家，围绕海峡特色农林作物种业“卡脖子”问题，组建43支种业创新团队开展协同攻关，推动福建省海峡种业创新实验室的相关建议获省委领导肯定性批示，加快建设具有重要影响力的区域种业科技创新高地和成果转化基地。
2022年10月21日，我校牵头组建福建省高校生物种业学科联盟正式启动，获批经费800万元，为深化我省生物育种学科协同育人，面向农业农村现代化培育生物育种基础学科拔尖创新人才打下坚实基础。
2023年6月15日，国家林业和草原局复函福建省林业局，同意与福建省人民政府依托福建农林大学和漳州市人民政府共建“海峡花卉产业科技创新高地”，聚焦闽台特色花卉产业转型升级技术需求，加快海峡两岸花卉产业基础研究创新、关键共性技术突破、区域集成示范推广，辐射带动全国花卉产业高质量发展。
突破性研究成果持续涌现
种业创新基础研究不断加强，“十四五”以来，我校在国际顶级期刊《细胞》（Cell）、《自然》（Nature）、《科学》（Science）等国际顶级期刊发表论文42篇，在生长素信号调控植物生长发育分子机制、“细胞酸化理论”形成机制解析、蜜蜂采集性状相关的分子基础研究和优良蜂种培育、水稻抗病育种、甘蔗抗病育种、兰花分子机制解析、兰科植物与福州茉莉基因组挖掘、大黄鱼与超深渊海参分子遗传机制研究，在食用菌生长发育与高值化利用、关键调控基因挖掘辅助育种等方面取得国际一流成果。种业相关研究成果获福建省科技进步一等奖1项、二等奖3项，获梁希林业科学技术奖三等奖2项。
加强种质资源保护与利用
“十四五”以来，我校加紧对全校种质资源保存情况作了全面摸底和梳理，截止目前，我校共保存大田作物、果蔬园艺、林草花卉、水产畜禽、微生物与基因资源等五大类种质资源数量超7.9万份。进一步扩充和提升了甘蔗、麻类、果树、杉木、水稻、食用菌、菌草、兰花等10多个全国领先种质资源库，建成省内种质资源保存数量最多的食用菌种质资源库、全国兰科植物最全的种质资源库、全国规模较大的杉木优良种质资源库、全国首个AraShare“非营利性拟南芥突变体共享中心”和世界上保存菌草种质资源数量最多、多样性最丰富、规模最大的菌草种质资源圃。
品种选育与产业化应用加快
我校高度重视优异种质资源创制和绿色、抗病、抗逆、高产优良新品种选育与示范推广，“十四五”以来作为第一育种单位选育新品种127个，获品种权数量已超过“十三五”总数，其中通过国家级审定水稻品种1个、省级审定水稻品种30个、国家级非主要农作物品种登记28个、获植物新品种保护权58个、省级非主要农作物品种认定食药用菌品种6个、省级审（认）定林木品种4个。“十四五”以来，我校植物新品种转化15项，合同金额达175.3万元。我校自主培育的巨菌草、绿洲系列、‘莱牧1号’等优良菌草草种及其栽培、加工技术已在全国31个省、500多个县市推广应用，在食用菌栽培、动物养殖、盐碱地改良、荒漠化治理等方面作出重要贡献。菌草技术还推广到全世界106个国家和地区，为全国减贫事业贡献了中国智慧。我校选育水稻新品种参加福建省优质稻品种品质鉴评会，‘闽禾香占’‘墘面香’‘乌山香占’获金奖、‘农香占’‘闽香丝’获银奖。
种业研发资助经费再创新高
我校聚焦种业科技项目申报，推进有组织科研，“十四五”以来获国家自然科学基金、国家重点研发计划、福建省种业创新与产业化工程等项目立项116项，资助金额17135.7万元，已超过“十三五”期间获批资助金额。
