基于种质资源群体与MAGIC群体的水稻抽穗期遗传分析

• 花匠小妙招
• 2024-11-14 20:16

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1 前言

1．1 水稻的驯化与群体结构

1．1．1 野生稻的驯化

1．1．2 水稻的籼粳分化

1．1．3 基于分子标记的水稻分类

1．2 作图群体

1．3 二代测序技术带来基因型鉴定上的革命性突破

1．4 水稻抽穗期的相关研究

1．4．1 水稻的光敏感性

1．4．2 水稻抽穗期的两个主要调控途径

1．4．3 水稻开花的抑制子

1．4．4 水稻开花的激活子

1．5 水稻全基因组关联分析的研究进展

1．6 MAGIC基因组结构研究

1．7 MAGIC的QTL作图方法

1．8 在作物中MAGIC群体的研究现状

1．9 本研究的目的和意义

2 籼粳亚群的抽穗期GWAS分析

2．1 材料和方法

2．1．1 植物材料、田间试验和抽穗期的调查

2．1．2 SNP数据库

2．1．3 全基因组关联分析

2．1．4 单倍型和统计分析

2．2 结果

2．2．1 海南和武汉水稻生长季节的日长

2．2．2 在503份品种中抽穗期的变异

2．2．3 长日照条件抽穗期的GWAS结果

2．2．4 短日照条件抽穗期的GWAS结果

2．2．5 11个已知抽穗期基因的单倍型水平关联分析

2．2．6 Ghd7和OsMADS56的单倍型分析

2．3 讨论

2．3．1 籼稻和粳稻的抽穗期具有不同的遗传基础

2．3．2 长日照和短日照条件有不同的抽穗期基因响应

2．3．3 单倍型水平的关联分析提高了鉴定QTL的能力

3 MAGIC群体bin图的构建与抽穗期QTL的检测

3．1 材料和方法

3．1．1 MAGIC群体的构建

3．1．2 田间管理和表型调查

3．1．3 样本制备、文库构建与测序

3．1．4 基因型的提取

3．1．5 基因组SNP变异的注释

3．1．6 基因型数据的过滤和补缺

3．1．7 进化树的构建和主成分分析

3．1．8 Bin图的构建

3．1．9 GWAS分析和bin水平的QTL检测

3．2 结果

3．2．1 MAGIC群体的构建及其群体结构

3．2．2 MAGIC群体测序与bin图构建

3．2．3 MAGIC亲本与群体的抽穗期的变异

3．2．4 SNP水平的GWAS检测结果

3．2．5 Bin水平的GWAS检测结果

3．2．6 QTL位点的等位基因比较

3．2．7 四个亲本间已知基因内部SNP的多态性分析

3．3 讨论

3．3．1 MAGIC群体的基因组组成

3．3．2 两种QTL检测方法的比较

3．3．3 MAGIC群体在育种和遗传研究上的优势

参考文献

附录

作者简介

致谢

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