花青染料通常表现出非常大的摩尔吸收率（约150000至300000M-1 cm-1）以及适度的量子产率，从而产生极其明亮的荧光信号。事实证明，花青在许多领域都非常有用，包括生物成像、细胞学、荧光技术和分析化学等，对于某些生物学应用，花青可以有利地替代其他常规染料，它们也可以应用在各种生物学。
常见的花青染料
花青染料中常使用的是发黄绿色荧光的Cy3(Ex:550nm,Em:570nm)和发红色荧光的Cy5(Ex:650nm,Em:670nm)。由于它们具有少量光谱重叠，Cy3和Cy5通常组合为2色检测。Cy3可通过各种荧光仪、成像仪器和具有TRITC标准滤波片的显微镜来检测。由于Cy5消光系数高，它已成为远红色荧光染料的流行替代品。
图为Cy3(左)、Cy5(中)、Cy7(右)的激发和发射光谱
表一.花青染料的光谱特性
花青染料
激发光线(nm)
Ex/Em(nm)
滤波片组
消光系数
荧光量子产率
Cy3
532
554/568
Cy3/TRITC
150000
0.15
Cy5
633-647
650/669
Cy5
250000
0.27
Cy7
730
754/778
Cy7
250000
0.3
磺化与非磺化花青染料
磺化与非磺化花青染料具有非常相似的荧光特性，在许多应用中可以互换使用。它们之间的差异主要在于溶解度。磺化的为水溶性，非磺化的则为脂溶性。
表2.磺化与非磺化花青的比较
Cy3
Cy5
Cy7
形式
磺化
非磺化
磺化
非磺化
磺化
非磺化
Ex/Em(nm)
554/568
650/669
754/778
滤波片组
Cy3/TRITC
Cy5
Cy7
消光系数
150000
140000
250000
230000
250000
250000
荧光量子产率
0.10
0.07
0.27
0.16
0.12
0.2
