茄子smwrky1转录因子基因克隆及序列分析
茄子smwrky1转录因子基因克隆及序列分析-中国农学通报
中国农学通报 2014,30(10): 124-128 Chinese Agricultural Science Bulletin 茄子SmWRKY1转录因子基因克隆及序列分析 邵 帅，赵福宽，徐岭贤 （北京农学院生物科学与工程学院，北京102206） 摘 要：克隆茄子转录因子SmWRKY 1基因，对其序列进行分析，为SmWRKY 1基因在茄子抗逆分子育 种的应用中提供理论依据。以茄子幼苗为试材，依据GenBank 上已提交的番茄、甜椒、烟草的WRKY 基 因序列设计引物，提取总RNA 利用RT-PCR 方法扩增得到基因片段，克隆、测序并通过NCBI 在线和 DNAMAN 等软件对其核酸及氨基酸序列进行分析。同源克隆得到SmWRKY 1，核酸序列930 bp ，翻译 为310 个氨基酸组成的蛋白序列，其中Ser 和Thr 量最多，分别占总氨基酸数的12.0%和11.0%。NCBI 检 索SmWRKY 1属于WRKY 基因超家族，第114 至120 个氨基酸含有WRKY 保守结构域“WRKYGQK”， 其锌指结构为C H 型，初步证实SmWRKY1 属于第二大类WRKY 转录因子。DNAMAN 构建茄子 2 2 SmWRKY1 与不同植物WRKY 蛋白的系统发育树，表明茄子WRKY 1 与番茄中的WRKY 1蛋白亲缘关 系最近，同源性达96% 。WRKY 基因在植物耐逆性的研究中有着重要的作用，通过克隆出SmWRKY 1 基因片段，为进一步克隆其全长、研究其功能做前期准备，为分子育种、培育茄子耐逆性新品种奠定了一 定的基础。 关键词：茄子；WRKY 1；基因克隆；序列分析 中图分类号：S641.1 文献标志码：A 论文编号：2013-2505 CloningandSequenceAnalysisofSmWRKY1TranscriptionFactorGeneinEggplant ShaoShuai,ZhaoFukuan,XuLingxian (CollegeofBiologicalScienceandEngineering,BeijingUniversityofAgriculture,Beijing102206) Abstract: The aims were to clone the transcription factor SmWRKY1 gene in eggplant and analyze its sequence characteristics, and provide a theoretical basis for the application of molecular breeding of SmWRKY1.Eggplantseedlingswereusedasexperimentalmaterials.Specificprimersweredesignedbasedon thesequencesofWRKYgenefromtomato,sweetpepper andtobacco,whichhasbeensubmittedtoGenBank. SmWRKY1 gene fragmentwasamplifiedbyRT-PCR.NCBIonlineandDNAMANsoftwarewereusedto analyzenucleicacidsandaminoacidsequences. SmWRKY1werecloned throughhomology-basedcloning. SmWRKY1included930nucleotideandencoding 310aminoacids,whereSerandThrarelargestamountof thetotalnumberofaminoacidswith 12.0%and 11.0%.NCBIBLASTshowedthat SmWRKY1belongedto WRKYgenesuperfamilywith 114thto 120thamin
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