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与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的InDel分子标记引物对及其应用

本发明涉及本发明涉及生物,特别涉及一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记引物对及其应用。


背景技术:

1、茄子(solanum melongena l.)又称落酥、昆仑瓜、吊菜子等,属于茄科茄属(2n=2x=24),一般认为茄子的起源地可能是东南亚的缅甸、南亚的印度以及这些热带地区的周边国家。在非洲、亚洲、中美洲以及地中海沿岸地区,茄子的种植较为普遍。相比之下,欧美地区由于种植纬度较低且品种较为有限,因此其种植规模相对较小。中国在茄子的总产量和栽培面积方面位居首位,并且茄子在国内众多地区占据着主要的蔬菜种植地位,积累了多样化的茄子种质资源。

2、作为品种丰富的茄科蔬菜,茄子不仅食用口感俱佳,而且具有良好的药用价值,如含有花青素、叶黄素和玉米黄素等抗氧化剂,有助于减少细胞损伤,预防多种慢性疾病。茄子在不同消费地区对其商品果的外观有着不同的需求,因此在进行品种选育时,必须考虑到这些品种是否能够适应不同的市场销售区域以及不同的生态条件。比如在南亚和南美等地区,条纹茄子颇受欢迎。近年来,条纹茄子也开始在东亚地区出现,其市场价格较普通茄子更高,且消费者对其的需求正在上升。虽然已有大量文献报道叶绿素影响茄子果皮均匀着色的机理,但对于色素不均匀分布导致条纹形成的研究仍然有限。因此,挖掘茄子果皮条纹的关键调控基因对促进茄子外观品质的育种具有重要意义。

3、选择合适的分子标记技术对于提升育种工作的效率和准确性至关重要。分子标记辅助育种技术通过开发与目标性状紧密相关的分子标记,在基因层面上对植物进行有针对性的检测与筛选,实现对植株的精确选择。因此,茄子果纹绿色调控基因的克隆、开发与果纹性状高效匹配的功能型标记对选育新品种茄子、实现绿色果纹定向分子设计育种具有重要的理论和应用价值。

4、公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解,而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记引物对及其应用,利用该引物对可以快速准确鉴定茄子果皮绿色条纹。

2、为实现上述目的,本发明提供了一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记引物对,indel分子标记引物的上游引物核苷酸序列如seq id no.1所示,下游引物核苷酸序列如seq id no.2所示。

3、seq id no.1,f:5’-ttctggctctctcactaatcaaat-3’;

4、seq id no.2,r:5’-cataaagattaagtcaatgaggagag-3’。

5、一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记,所述indel分子标记以茄子基因组dna为模板,以indel分子标记引物对扩增得到的序列;

6、其中,indel分子标记引物对的上游引物核苷酸序列如seq id no.1所示,下游引物核苷酸序列如seq id no.2所示;

7、indel分子标记引物扩增得到的核苷酸序列如seq id no.3和seq id no.4所示。

8、含有indel分子标记引物对或indel分子标记的试剂盒。

9、一种indel分子标记引物对或分子标记或试剂盒的应用,包括:

10、(1)在鉴定茄子果皮绿色条纹中的应用;

11、(2)在茄子果皮绿色条纹分子标记辅助育种中的应用。

12、一种鉴定茄子果皮绿色条纹的方法,包括以下步骤:

13、(1)以待测茄子材料的dna为模板,用indel分子标记引物对seq id no.1-2进行pcr扩增,得到pcr产物;

14、(2)将扩增产物进行凝胶电泳检测,观察电泳检测结果。

15、优选地,上述技术方案中,步骤(1)pcr反应体系:在12μl反应体系下,dna模板液2μl、2×taq mix 5μl、正向引物和反向引物各1μl,浓度为10um/l,用3μl ddh2o将总体积补齐至12μl;

16、pcr扩增反应程序:94℃预变性5min;94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸30s,30个循环;72℃延伸5min。

17、步骤(2)凝胶为8%非变性聚丙烯酰胺凝胶。

18、优选地,上述技术方案中,步骤(2)电泳检测结果的判断方法为:

19、indel分子标记引物扩增出104bp的片段,说明待测茄子样品为果皮绿色有纹品种;

20、indel分子标记引物扩增出94bp的片段,说明待测茄子样品为果皮纯绿无纹品种;

21、indel分子标记引物同时扩增出104bp和94bp的片段,说明待测结果样品为杂合子。

22、与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:本发明与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记引物对及其应用,利用亲本no211、p13以及f1对开发的indel标记进行多态性筛选。经过筛选,发现分子标记gs-idm4.01在双亲间具有稳定的多态性,结合f1检测结果,判断gs-idm4.01为显性标记,且该标记所扩增出的条带清晰,在双亲间差异明显。根据indel分子标记,设计indel引物序列,进行pcr扩增,观察检测结果,鉴定茄子果皮绿色条纹。使用本发明引物,可用于茄子果皮绿色条纹表型的鉴定筛选,且能够快速的、准确、有效地选育具有茄子果皮绿色条纹特性的茄子品种,加速农作物育种过程,提高育种的效率和成功率。

技术特征:

1.一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记引物对,其特征在于,indel分子标记引物的上游引物核苷酸序列如seq id no.1所示,下游引物核苷酸序列如seq id no.2所示。

2.一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的indel分子标记,其特征在于,所述indel分子标记以茄子基因组dna为模板,以indel分子标记引物对扩增得到的序列;

3.含有根据权利要求1所述indel分子标记引物对或权利要求2所述indel分子标记的试剂盒。

4.一种如权利要求1所述的indel分子标记引物对或权利要求2所述的分子标记或权利要求3所述的试剂盒的应用,包括:

5.一种茄子果皮绿色条纹的方法,其特征在于,包括以下步骤:

6.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,步骤(1)pcr反应体系:在12μl反应体系下,dna模板液2μl、2×taq mix 5μl、正向引物和反向引物各1μl,浓度为10um/l,用3μl ddh2o将总体积补齐至12μl;

7.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,步骤(2)电泳检测结果的判断方法为:

技术总结
本发明公开了一种与茄子果皮绿色条纹基因紧密连锁的InDel分子标记引物对及其应用,InDel分子标记引物的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。使用本发明引物对,可用于茄子果皮绿色条纹表型的鉴定筛选,且能够快速的、准确、有效地选育具有茄子果皮绿色条纹特性的茄子品种,加速农作物育种过程,提高育种的效率和成功率。

技术研发人员:王鹏,方华蓉,李依沚其,于文进,张枭璐,黄晶晶,严晓云,张俊威
受保护的技术使用者:广西大学
技术研发日:
技术公布日:2025/2/5

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所属分类:花卉
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