利用高通量测序技术探究南极簇花松萝种内表型分化机制

• 花匠小妙招
• 2024-12-09 19:31

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目录

第1章 绪 论

1.1 地衣简介

1.1.1 地衣的菌藻关系

1.1.2 地衣的繁殖方式

1.2 南极地衣的研究

1.2.1 南极地衣的研究现状

1.2.2 南极簇花松萝的研究

1.3 高通量测序技术在地衣研究中的应用

1.4 本文的研究方法和主要研究内容

第2章 材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 实验标本

2.1.2 GenBank 中获得的 ITS rDNA序列

2.1.3 主要试剂及缓冲液配制

2.1.4 实验设备

2.1.5 主要分析软件

2.2 实验方法

2.2.1 标本的预处理

2.2.2 基因组DNA的提取与检测

2.2.3 文库构建

2.2.4 Illumina Miseq测序上机

2.2.5 序列聚类和物种分类学注释

2.2.6 物种Alpha多样性分析

2.2.7 物种Beta多样性分析

2.2.8 系统发育树构建

2.2.9 单倍体网络的构建

第3章 簇花松萝形态学多样性研究及基质差异性研究

3.1 引言

3.2 簇花松萝地衣体形态学多样性研究

3.3 不同形态簇花松萝基质差异性研究

3.4 本章小结

第4章 簇花松萝物种组成及与形态分型的关系

4.1 引言

4.2 扩增引物的筛选

4.3 簇花松萝内生细菌群落结构与形态分化的研究

4.3.1 16s rDNA测序数据物种注释

4.3.2 簇花松萝内生细菌群落组成分析

4.3.3 内生细菌物种多样性的差异分析

4.3.4 内生细菌物种差异与标志物种的差异分析

4.4 簇花松萝真核生物物种群落结构与形态分化的研究

4.4.1 18s rDNA和ITS rDNA测序数据物种注释

4.4.2 簇花松萝真核生物物种组成分析

4.4.3 真核生物物种多样性差异分析

4.4.4 真核生物物种差异与标志物种差异分析

4.5 本章小结

第5章 簇花松萝共生菌藻单倍体型差异研究及形态分化分析

5.1 引言

5.2 簇花松萝菌藻单倍体基因型系统发育树构建

5.2.1 菌藻单倍体基因型数量差异分析

5.2.2 共生菌系统发育树构建

5.2.3 共生藻系统发育树构建

5.3 簇花松萝菌藻单倍体型网络构建

5.3.1 共生菌单倍体型网络构建

5.3.2 共生藻单倍体型网络构建

5.4 簇花松萝地衣形态的分化分析

5.5 本章小结

结论

参考文献

声明

致谢

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